В церкви сохранялся обычай возжигать неугасимую лампаду перед образом Пресвятой Богородицы. Об усопших совершали службу на третий, седьмой, сороковой день, а также через год, «в какой бы день они ни пришлись»; кроме того, их имена поминали в течение 200 дней после кончины. «С наступлением ноября» (очевидно, с 1 ноября) соблюдался Георгиевский пост, длившийся до памяти великомученика Георгия (10 ноября), во время которого разрешалось молочное. Соблюдались также Рождественский, Великий и Петров посты. Среди настоятелей Кларджетской пустыни существовал обычай заговляться в Хандзте, где «в качестве вступления в пост они получали канон на Великий пост» и благословение преподобного Григория. Спали монахи на маленьких ложах, в келье разрешалось держать только воду, огонь не разводили. Питались скудно, стремясь подражать преподобному Григорию, который днём вкушал лишь немного хлеба, а во время Великого поста питался сырой капустой. Преподобный Григорий не дозволял строить в монастыре больше одной церкви, поскольку в таком случае, «когда декан ударит на службу, не все священники пойдут к нему, останутся служить в своих молельнях и наравне с большой церковью будут досаждать людям, прося пожертвований, и декану понадобится всячески упрашивать их идти в большую церковь, чтобы были литургисующие священники». Литературная школа возникла в Кларджетской пустыни в IX в., и к X в. пустынь стала одним из ведущих центров грузинской церковной письменности. В XI–XIII вв. в монастырских скрипториях работали каллиграфы, художники, золотоваятели. Монахи переписывали книги Священного Писания, создавали оригинальные произведения и переводили труды по агиографии, гимнографии, гомилетике, иллюминировали рукописи, украшали переплеты серебром и золотом. В разное время к школе Кларджетской пустыни принадлежали преподобный Григорий Ханцтели, Макарий Летели (вторая половина IX в.), Софроний Шатбердели (конец IX – начало X вв.), Иларион Парехели (конец IX – начало X вв.), Георгий Мерчуле (X в.), Микаел Модрекили (вторая половина X в.), Иоанн-Бераи (вторая половина X в.), Давид Джибисдзе (первая половина XI в.), преподобный Георгий Святогорец, Бека и Бешкен Опизари (вторая половина XII в.) и др. Церковно-литературные центры Кларджетской пустыни поддерживали тесные связи с другими грузинскими центрами в Грузии и за рубежом – в Иерусалиме, на Синае, в Антиохии и на Афоне. Наиболее известной святыней Кларджетской пустыни являлась гортань св. Иоанна Предтечи, находившаяся в Опизе. В XVII в. эта святыня хранилась в монастыре Цаленджиха (Самегрело, Западная Грузия), дальнейшее её местопребывание исследователям неизвестно. В монастыре Мидзнадзори покоились мощи апостола Варфоломея. По сведениям Георгия Мерчуле, преподобный Григорий принёс из Константинополя в Хандзту мощи святых, св. иконы и иные благословения. Помимо мощей преподобного Григория особым почитанием пользовались мощи преподобных Михаила Парехели и Василия Парехели в Парехи, от которых происходили многочисленные исцеления.