Однако некоторые исследователи (Иван Александрович Джавахишвили, праведный Евфимий Такаишвили, Корнелий Кекелидзе, Н. Вачнадзе) приписывают эти сведения поздним авторам, а преподобного Михаила считают деятелем IX в. Монастырское строительство в Кларджетской пустыни интенсивно развернулось в последней четверти VIII в. и связано с появлением в этих местах преподобного Григория Ханцтели (759–861 гг.) и его учеников. Юношей преподобный Григорий покинул Картли, где ему было уготовано блестящее будущее; вместе с ним в Кларджети пришли его двоюродный брат Савва Ишхнели и преподобные Фёдор и Христофор. Вначале они поселились в монастыре Опиза (около 780 гг.), спустя два года преподобный Григорий основал монастырь Хандзта. Монастырская братия увеличивалась. С начала IX в. «во всех святых пустынях (Кларджети) святые отцы начали строить монастыри и святые церкви, и таким образом размножились служители Святой Троицы, непрестанно славословящие». Один за другим возникли монастыри Мере (единственный женский монастырь в Кларджетской пустыни), Джмерки, Берта, Даба, Мидзнадзори, Цкаростави, Баретелта, Шатберди, Парехи; между 861 и 951 гг. была основана Долискана, последняя из 12 пустыней Кларджети. Братия Хандзты была поделена: 13 насельников преподобный Григорий оставил в Хандзте, остальных разбил на три группы для других монастырей. Кларджетская пустынь процветала при активной поддержке основателя грузинского царского дома Багратиони царя св. Ашота I Великого (ум. в 826/829 г.), его сыновей царя Баграта I Куропалата (826–876 гг.), Адарнасе I (ум. в 867/869 г.), Гуарама Мампали (ум. в 882 г.) и их потомков, о чём свидетельствуют ктиторские портреты, лапидарная и фресковая эпиграфика храмов Кларджетской пустыни, а также сведения из агиографических (Житие преподобного Григория) и исторических источников (например, «Решение Баграта IV по поводу тяжбы миджнадзорийцев и опизарцев»). Багратиони щедро одаривали монастыри угодьями. Шатберди был выстроен при поддержке Баграта I, Опизу восстанавливали Гуарам и Ашот IV Куропалат (ум. в 954 г.), Хандзту обновляли эриставт-эристави Ашот Кухи (ум. в 918 г.), его племянник Гурген Великий (ум. в 941 г.), царь картвелов Давид III Куропалат (ум. в 1001 г.); ктиторами Долисканы были царь картвелов Баграт I (937–945 гг.) и его брат Сумбат (ум. в 958 г.). Монастыри Кларджетской пустыни служили усыпальницами рода Багратиони: в Опизе был похоронен Гуарам Мампали, в Хандзте – сын Адарнасе I Гурген Куропалат (ум. в 891 г.). Значительную помощь монастырям оказывали и представители местной знати, которые также жертвовали земли и деньги, поддерживали строительство храмов, обеспечивали монахов провизией. Многие из них впоследствии были похоронены в обителях Кларджетской пустыни, их имена были вписаны в синодики. Так, содействуя строительству церкви в Хандзте, крупный феодал Габриел Дапанчули заключил соглашение с преподобным Григорием: «Вы сделайте нас соучастниками святых молитв ваших в сей жизни и по смерти, удостойте наши кости погребения вместе с вашими костями и установите в вашем монастыре моление о нас на веки, а мы клянёмся вам своею жизнью и жизнью детей, что берём на себя из рода в род попечение о вас и вашем монастыре до скончания веков». Молитвы за представителей рода Дапанчули возносились в Хандзте и в середине X в.