На протяжении всего Средневековья границы епархий ни разу не совпадали с административным делением, что исследователи считают одной из особенностей церковной географии Грузии. Вторжение хорезмшаха Джалал ад-Дина (1225–1227 гг.), столетнее господство монголов (1235/1242 – 1330 гг.), разрушительные набеги Тамерлана (1386–1403 гг.) опустошили страну. Культура и экономика замерли, политическое единство разрушилось. Наряду с другими областями жестоко пострадали и центральные провинции Грузии – Шида-Картли и Квемо-Картли. Значительно сократилось население, цари не могли противостоять ударам, в страну хлынули кочевые орды тюркских племён, усилилась агрессия Ирана. В 1470–1480 гг. восточная часть Квемо-Картли, вплоть до правого берега реки Дебеда, была оккупирована тюркскими племенами. В 1226 г. хорезмшах Джалал ад-Дин жестоко замучил 100 тыс. жителей Тбилиси и Картли (см. ст. Тбилисские мученики); в 1289 г. в Золотой Орде принял мученическую смерть царь Грузии св. Димитрий II Самопожерствователь; в 1386 г. в кафоликоне монастыря Кватахеви Тамерланом были сожжены братия и паства монастыря (см. ст. Кватахевские мученики). Армянская церковь чтит память армян из Самшвилде, погибших во время нашествия Джихан-шаха в 1440 г. Картлийское царство со столицей в Тбилиси, образовавшееся после распада Грузии в конце XV в., помимо Шида-Картли и Квемо-Картли охватывало Двалети (Нарская котловина). Позже границы царства расширились до территорий, находящихся западнее Лихского хребта. В середине XVIII в. цари Картли восстановили власть над провинциями Казахи и Шамшадило (бывшая область Гардабани). Страна была разделена на четыре воеводства (садрошо, от «знамя»). Во главе садрошо стояли представители высшего аристократического слоя – тавады (князья). Среди многочисленных княжеских родов Картли выделялись шесть «великих тавадов»: Мухран-Батони (Мухранский), Арагвские и Ксанские эриставы, Цицишвили, Амилахвари, Бараташвили. Сатавадо (владетельные земли тавадов) представляли собой систему полунезависимых феодальных сеньорий и играли важную роль в социальной и политической жизни Грузии. Во время монгольского владычества, «в годы великой нужды и недостатка» (надпись инока Георгия в церкви в Кобайра, 1282 г.), «только силой и трудом» (строительная надпись епископа Арсения Манглисского на церкви в Абелиа, 1247–1259 гг.) были выстроены церкви Метехи, Эртацминда (Шида-Картли), Худжаби, Абелиа, Кобайр (Квемо-Картли) и др. В первой половине XIV в., во время царствования Георгия V Блистательного, была воздвигнута церковь Гергетис Самеба (Святой Троицы) у подножия горы Мкинварцвери (Казбек). В первой половине XV в. царь Александр I отстроил разрушенные крепости, церкви и монастыри, в том числе Светицховели и Руиси, очистил Лоре-Ташири от кочевников и восстановил там церковные и светские владения. В процессе формирования сатавадо монастыри, принадлежавшие некогда царю или католикосу, перешли к тавадам. В Кинцвиси была устроена усыпальница Панаскертели-Цицишвили, в Никози – Павленишвили, в Питарети – Орбелишвили, в Тири – Тавхелидзе-Мачабели. Крупные тавады строили новые усыпальницы: Арагвские эриставы – в Ананури (XVII в.), Ксанские эриставы – в Ларгвиси (отстроена заново в 1750–1760 гг.) и Икорте (здесь были похоронены герои Бахтрионского восстания 1659 г. святые Шалва и Элизбар Эристави) и т.д.