В XVII–XVIII вв. паства Санаинской и Ахпатской армянских епархий пополнялась за счёт грузин-монофизитов, перекрещенных крестьян, пожертвованных царями армянским монастырям, или крепостных грузинских тавадов-григориан. В «армянскую веру» переходили и те грузины, которые присоединялись к купеческим и ремесленным гильдиям, где господствующее положение занимали армяне-монофизиты. Этот процесс охватывал Тбилиси и Квемо-Картли, где, по сведению царевича Вахушти Багратиони, «население придерживается веры армянской, и лишь малая часть – грузинской; а нравами и обычаями все они грузины». Армянскими стали некоторые принадлежавшие грузинам монастыри, в том числе Кобаир и Дзели-Чешмарити (Хуневан). В начале XIX в. монофизитство распространилось и среди грузинского населения Шида-Картли. Непрекращавшиеся восстания изнуряли персов; наконец, Надир-шах был вынужден признать царём Картли представителя кахетинской ветви Багратиони придерживавшегося православия Теймураза II, а его сына Ираклия II – царём Кахети. 1 октября 1745 г. в Светицховели Теймураз II был помазан на царство Картли. В 1762 г. Картли и Кахети объединились под властью Ираклия II в царство Картли-Кахети. Стремление царя к «европейским преобразованиям» и усилению обороноспособности страны стало залогом более тесного союза с Россией. Картли-Кахети участвовала в Русско-турецкой войне 1768–1774 гг.; в 1783 г. был заключён Георгиевский трактат, позволивший российскому императору Александру I в 1801 г. присоединить Восточную Грузию к России. С вхождением Восточной Грузии в состав Российской империи Картли стала частью Тифлисской губернии России. Епархии Квемо-Картли были упразднены и присоединены к Тифлисской епархии ГПЦ. Уплотнение происходило и в Шида-Картли, где Самтаврская и Цилканская епархии подчинились архиепископу Иоанну Самтаврскому (ум. в 1802 г.); позднее Цилканская епархия была присоединена к Самтависской, а Никозская – к Самтаврской. Официально епархии Картли просуществовали до 1811 г., когда автокефалия ГПЦ была упразднена, и был сформирован Грузинский экзархат РПЦ. По решению Святейшего Синода РПЦ в Картли была образована Мцхетско-Карталинская епархия (1811 г.). Горная часть Шида-Картли и прилегающие области Имерети перешли в юрисдикцию архиепископа Телавского. В 1818 г. на территории Картли и Кахети была образована единая Карталино-Кахетинская (Грузинская) епархия Грузинского экзархата РПЦ. Епархии, существовавшие на территории Картли до начала XIX в. ГПЦ: Ахпатская, Ахтальская, Агаракская (Хунанская), Болнисская, Дманисская, Манглисская, Никозская, Руисская, Самтависская, Самтаврская, Таширская, Тбилисская, Урбнисская, Хуневанская, Цалкская, Цилканская, Цинцкаройская (?), Цуртавская. Армянская Церковь: Ахпатская, Санаинская. Цари Картли: Константин II (1484–1505 гг.), Давид X (1505–1526 гг.), Георгий IX (1526–1527 гг.), Луарсаб I (1527–1556 гг.), Свимон (Симеон) I (1556–1569, 1578–1600 гг.), Давид XI (Дауд-хан; 1569–1578 гг.), Георгий X (1600–1606 гг.), мученик Луарсаб II (1606–1616 гг.), Баграт VII (1616–1619 гг.), Свимон (Симеон) II (1619–1630 гг.), Теймураз I (в Картли и Кахети; 1623–1632 гг.), Ростом (1632–1658 гг.), Вахтанг V (Шах-Наваз; 1658–1676 гг.), Георгий XI (1676–1688, 1703–1709 гг.), Ираклий I (1688–1703 гг.), Кайхосро (1709–1711 гг.), Иесе (Али Кули-хан; 1714–1716 гг.), Вахтанг VI (1716–1724 гг.), Теймураз II (1744–1762 гг.). Цари Картли-Кахети: Ираклий II (1762–1798 гг.), Георгий XII (1798–1800 гг.).