Монография состоит из трёх отделов: «Москва – Третий Рим», «Русский царь есть опора и покровитель всего вселенского Православия», «Русское благочестие есть высшее и совершеннейшее в целом мире». В книге на основе архивных документов рассмотрен широкий круг тем: утверждение царского венчания Ивана IV Васильевича Константинопольской патриархией, учреждение в России патриаршества, перенесение в Москву православных святынь с Востока, благотворительность русских государей православному Востоку, выявление фактов обмана греками русских при приезде в Москву и заведение в отношении авантюристов следственных дел, организация царским правительством после Смутного времени порядка приезда просителей в Москву, исполнение начиная со времени правления Ивана Грозного представителями греческого духовенства, а также светскими лицами роли русских агентов на Востоке. Н.Ф. Каптерев сделал вывод, что русское правительство к концу XVII в. под влиянием греков начало признавать своей миссией освобождение православного Востока от османского ига. Н.Ф. Каптерев проследил, как в России в XVI–XVII вв. (до реформ патриарха Никона) формировалось негативное отношение к греческому благочестию, дал характеристику русской богослужебной реформе середины XVII в. (считал её следствием грекофильства Никона), отметил уменьшение греческого влияния на русскую церковную жизнь во второй половине XVII в. и окончательное утверждение в конце XVII – начале XVIII вв. западного влияния (историк объяснял эти процессы корыстолюбием греков, их склонностью к интригам). Н.Ф. Каптерев ввёл в научный оборот огромный по объёму новый материал, однако многие выводы и оценки исследователя были признанным необъективными. Широко изучая русский архивный материал, Н.Ф. Каптерев не привлекал к исследованию греческие документы. Не являясь специалистом по истории внешней политики, Н.Ф. Каптерев не мог в полной мере оценить значение тех сведений, которые доставляли в Москву греки. Историк полагал, что греки равнодушно отнеслись к организации в Москве училища в 1630–1640 гг., но новейшие исследования не подтверждают эту точку зрения. 15 февраля 1885 г. Н.Ф. Каптерев представил работу в Совет Московской духовной академии на соискание степени доктора церковной истории. Противником присуждения степени выступил Н.И. Субботин, который настаивал на полной переделке той части работы, где Н.Ф. Каптерев на основании обнаруженных им документов показал, что Арсений Грек, ведущий деятель книжной справы середины XVII в., был иезуитом, позднее мусульманином (обвинения в вероотступничестве против Арсения Грека выдвигали старообрядцы). 8 августа 1885 г. сочинение вновь было направлено в Совет, который, заслушав отзыв Е.Е. Голубинского, 11 октября удостоил Н.Ф. Каптерева степени доктора церковной истории, вскоре решение утвердил Святейший Синод. 14 марта 1885 г. Академия Наук присудила сочинению Н.Ф. Каптерева премию митрополита Макария (Булгакова). В 1888 г. книге была присуждена малая Уваровская премия по предложению профессора Казанской духовной академии Петра Васильевича Знаменского, который, отметив ряд недостатков сочинения (в частности, односторонне негативную оценку автором участия греков в русской церковной жизни), тем не менее, высоко его оценил. В том же году обер-прокурор Святейшего Синода Константин Петрович Победоносцев отменил решение о присуждении Н.Ф. Каптереву степени доктора церковной истории на основании того, что автор непочтительно отзывался о греческой церкви.