Третья Камчатская духовная миссия (1742–1761 гг.) во главе с архимандритом Иоасафом (Хотунцевским) была наиболее многочисленной (11 человек) и имела особое задание от Синода – открывать школы для представителей местных народов. Ко времени её прибытия (1745 г.) на Камчатке действовали три церкви: Никольская в Нижнекамчатском остроге (1737 г.), Успенская в Большерецком остроге (1739 г.) и открытая Витусом Берингом до 1740 г. походная корабельная церковь Рождества Пресвятой Богородицы в Петропавловской гавани, а также две часовни: в Верхнекамчатском остроге и в устье реки Камчатки. Крещёных камчадалов насчитывалось «в ведомствах Большерецкого острога – 1870, Нижнекамчатского – 1724 и Верхнекамчатского – 2473, всего 6067 человек обоего пола». К 1745 г. имелись школы в Большерецком, Верхнекамчатском, Нижнекамчатском острогах. Благодаря усилиям сотрудников третьей Камчатской миссии были открыты ещё 15 школ, освящены четыре храма: в острогах Ичинском, Тигильском и Нижнекамчатском, в селении Ключи, в церковь была преобразована часовня в Верхнекамчатском остроге. Глава миссии посещал Курильские острова: в 1749 г. открыл на одном из них школу «для обучения курильских отроков», тогда же на острове Шумшу была сооружена небольшая часовня во имя Николая Чудотворца. К началу 1760 гг. на Камчатке насчитывалось восемь церквей, семь приходов с 9959 прихожанами, проживавшими в 76 населённых пунктах. Однако после завершения деятельности миссии правительство перестало выделять средства на поддержание школ, и к 1783 г. в крае вновь не было ни одной школы. В 1761 г. по решению Святейшего Синода на Камчатке была введена новая форма организации церковной жизни – протоиерейское правление, в следующем году получившее официальное название Камчатской проповеднической свиты. Первым руководителем Камчатской проповеднической свиты стал протоиерей Стефан Никифоров, участник Камчатской миссии, москвич. В 1808 г. Камчатскую проповедническую свиту ревизовал иеромонах Александро-Невской лавры Гедеон, зафиксировавший «в Камчатке» восемь сильно обветшавших церквей: «В городе Нижнекамчатске две…, в Большерецком остроге…, в Верхнекамчатском остроге…, в Петропавловской гавани…, в Тигильской…, в Ключевском селении…, в Ичинском остроге». 24 февраля 1816 г. вышел указ об учреждении на Камчатке духовного училища. Оно просуществовало больше 20 лет, его окончили 122 человека, лучшие выпускники направлялись в Иркутскую духовную семинарию; семь выпускников училища служили священниками на Камчатке. В 1822 г. Синод принял решение об упразднении Камчатской проповеднической свиты и об учреждении Камчатского духовного правления (благочиния) Иркутской епархии. Центр духовного правления переместился из Нижнекамчатска в Петропавловск. 24 ноября 1826 г. в Петропавловске был освящён собор во имя апостолов Петра и Павла. 1 декабря того же года по просьбе начальника Камчатки Аркадия Васильевича Голенищева Святейший Синод, приняв во внимание удалённость полуострова от центра епархии, назначил камчатского протоиерея благочинным всех церквей Камчатки и руководителем духовенства. Вскоре за счёт казны были построены и освящены храмы в национальных острожках Дранка (восточное побережье полуострова) и Лесная (западное побережье) и др.