Истощённый пережитыми волнениями, папа заболел и несколько дней провёл между жизнью и смертью. Ободрённая его отчаянным положением римская знать пыталась произвести переворот, чтобы установить в городе Риме аристократическое самоуправление, но папа выздоровел и разогнал мятежников. В последние месяцы жизни Юлий II участвовал в переговорах с дипломатами Фердинанда II, пытавшимися получить от папы идеологическое обоснование для вторжения арагонцев в Наварру. Юлий II не согнулся под бременем несчастья и в 1512 г. созвал в Латеране XVIII Вселенский (V Латеранский) собор, который был призван обсудить реформу церкви в преддверии антикатолического выступления Мартина Лютера (1483–1546 гг.). Это было вызвано единодушным требованием многих представителей тогдашнего западного христианства (сам больной папа не принимал участия в работе Собора). Генерал августинского Ордена заговорил было на Соборе о бедствиях церкви, происходивших от воинствующей политики папы, но его слова были заглушены голосом главы доминиканцев Томаса де Вио, который провозгласил папу стоящим выше всякого Собора, правым во всех своих действиях. Собравшиеся отцы отменили все постановления схизматического Собора в Пизе. Папа вновь составил против Франции лигу, к которой примкнул император. Венецианцы и папские швейцарцы вытеснили французские войска из веронской области, а регулярная армия папы заняла Романью. Против Франции возмутились также Милан и Генуя. 10 июня 1512 г. сдалась Болонья, скоро покорился Альфонсо Феррарский, и последние остатки французской армии перебрались за Альпы. В то же лето были взяты Модена и Роджо, позже у Милана отобраны Парма и Пьяченца. Во Флорентийской республике, одно время передававшейся на сторону врагов Юлием II, была восстановлена власть Медичи. Милан был возвращён сыну Лодовику Моро, несмотря на притязания Максимилиана I. Внутри Италии оставались ещё «варвары»: швейцарские солдаты, германцы и испанцы. Хотя французы были изгнаны через Альпы, но это произошло ценой оккупации Италии со стороны других держав, и Юлий II был вынужден отказаться от реализации своей мечты о независимом итальянском королевстве. Умер «грозный папа» 21 февраля 1513 г. от лихорадки, страшась за прочность своего дела, каясь в своих грехах, но, по-видимому, до конца убеждённый в правоте своей идеи. Современники и ближайшие потомки высказывали о нём очень различные суждения. В сатирическом памфлете, написанном в форме молитвы о спасении его души, Юлий II назван дьяволом, которого только всемогущество Христа может превратить в ангела. Немецкий рыцарь-гуманист, один из главных авторов «Писем тёмных людей» Ульрих фон Гуттен (1488–1523 гг.), называет его «смертоносной язвой человечества», «бандитом, носящим в себе всевозможные пороки». Инициатор Реформации Мартин Лютер, посетивший Рим в понтификат Юлия II, изображает его «ужасающей силы чудовищем». С другой стороны, итальянцы восхваляли папу как «укротителя льва св. Марка», как «избавителя страны от нашествия диких иноплеменников». Никколо Макиавелли признал, что, несмотря на яростную вспыльчивость, Юлий II никогда не совершал жестокостей из личной мести, а всегда преследовал только интерес церкви. Исследователи признают, что его нельзя назвать «идеалистом» и потому с полным правом назвать великим человеком. Юлий II действовал в то время, когда духовный «град Божий» материализовался в «светскую курию», и его оружие создало лишь эфемерное могущество. Но среди тревог бурного понтификата папа находил время думать о внутреннем благоустройстве церкви, об исправлении нравов духовенства, об упорядочении администрации. Особенно замечательной признаётся его инициатива в деле поощрения искусства, великие памятники которого должны были, по его идее, петь хвалу христианской вселенской церкви и папству. В вопросах веры он использовал инквизицию. Так, в 1511 г. Юлий II утвердил монашеский Орден Непорочного Зачатия, который с помощью инквизиции утверждал непорочность Божьей Матери. Папа организовал преследование чешских еретиков, рекламировал Крестовые походы против турок и испанских маранов (евреев Испании, принявших католичество). Продолжая дело Сикста IV и Иннокентия VIII, Юлий II усердно продавал индульгенции, организовывал всяческие юбилеи, которые давали огромные доходы папской курии. Однако эпитеты клятвопреступника, пьяницы, вора и убийцы также сопровождали его всю жизнь.