Безусловно, вмешательство России не было единственной причиной столь мягкой реакции Константинопольского патриарха на самопровозглашение церковью в Греции своей автокефалии. Здесь сыграли свою роль также некоторые другие факторы. С момента провозглашения автокефалии Элладская церковь неоднократно пыталась нормализовать свои отношения с Константинополем и добиться от него признания своего статуса, однако такая возможность представилась лишь в декабре 1849 г. На похоронах греческого посла в Константинополе Якова Нерулиса должен был присутствовать и Константинопольский патриарх Анфим IV (1840–1841, 1848–1852 гг.). Греческое правительство, совместно с церковью, решило воспользоваться этой возможностью, чтобы наладить контакт с патриархом. Было решено наградить Анфима IV государственной наградой Греции, орденом Спасителя. Вручить орден было поручено профессору Богословского факультета Афинского университета архимандриту Мисаилу (Апостолидису). Вместе с орденом ему было поручено также передать патриарху письмо, подготовленное и подписанное Эвбейским митрополитом Неофитом, который в то время исполнял функции главы Греческого синода. На похоронах греческого посла архимандрит Мисаил передал патриарху орден и письмо. Первое патриарх принял, а второе вернул, даже не распечатав, т.к. посчитал, что принятие официального письма от главы Греческого синода могло быть расценено как признание де-факто этого Синода и всей Элладской церкви. Несмотря на такую реакцию патриарха, контакт с ним был установлен, и уже 30 мая 1850 г. греческое правительство направило ему официальное письмо, в котором просило признать независимость Элладской церкви и её Синода. Меньше чем через месяц (16 июня) в Константинополе был созван Собор, на котором кроме самого патриарха Анфима IV присутствовало пять бывших Константинопольских патриархов, Иерусалимский патриарх Кирилл II (1845–1872 гг.) и 12 архиереев членов патриаршего Синода. На последнем своем заседании (29 июня) Собор издал Томос, который провозглашал автокефалию епархий Константинопольского трона, находящихся в Греции. Вместе с провозглашением автокефалии Элладской церкви Томос содержал семь условий, на которых предоставлялась автокефалия. Согласно этим условиям, Элладская церковь должна управляться «Священным Синодом Королевства Греческого», действующим на постоянной основе и возглавляемым Афинским митрополитом. Подчёркивалось, что Синод должен управлять церковью «согласно божественным и священным канонам, свободно и совершенно без всякого мирского вмешательства». Епархиальные архиереи должны поминать Синод, а глава Священный синод должен поминать «Вселенского патриарха и трёх остальных патриархов по чину, а также всякое православное епископство». Миро Элладская церковь должна получать из Константинополя, а также соотноситься с Константинополем в решении общих церковных вопросов (при этом Томос не уточнял, каких именно). Председателем новоучреждённого «Священного синода Королевства Греческого» был назначен Коринфский митрополит Кирилл. Константинопольский патриархат смотрел на провозглашение без его согласия самостоятельности Элладской православной церкви как на дело антиканоническое. Тогда же был принят закон об устройстве Синода Элладской православной церкви, элементы которого сохраняются и в настоящее время.