Судья подверг Илию пыткам и заточил в тюрьму. Братьям Илии удалось проникнуть туда, и тот поведал им о видении, в котором некий эфиоп угрожал ему мечом и огнём. Через несколько дней судья, видя непреклонность Илии, отправился к эмиру Дамаска Мухаммаду (по мнению исследователей, имеется в виду эмир Мухаммад ибн Ибрагим, 739/740 – 801 гг.) и рассказал ему об Илии. Эмир, а затем и его сыновья вновь попытались склонить Илию к мусульманству, однако тот не поддался соблазну и был отправлен в темницу Прасина (от греч. – зелёный), предположительно отождествляемую исследователями с Зелёным дворцом Омейядов (Каср-эль-Хадра), использовавшимся Аббасидами как тюрьма. Во время последнего допроса судья приказал солдатам обнажить мечи и окружить святого. Угрожая расправой, предложил ему отречься от Христа. Илия отказался отвечать ему, повернулся на восток, опустился на колени и наклонил голову, ожидая удара меча. После казни судья распорядился повесить тело мученика в саду при дворце, чтобы христиане не могли подойти к нему. В течение 12 дней, пока его тело висело там, продолжались чудесные знамения: над телом мученика сияла большая звезда, а многие горожане видели в разных местах самого Илию в сияющих одеждах. Узнав об этом, судья распорядился сжечь тело святого, однако огонь не причинил ему вреда. Тогда тело было разрублено на части и брошено в реку. Позже христиане сумели отыскать частицы мощей Илии. Относительно времени мученической кончины Илии существуют разногласия: в тексте Мученичества казнь святого датируется 1 февраля 6287 г. от сотворения мира, что соответствует 795 г., если автор пользовался александрийским летосчислением, и 779 г. – если византийским. К первому варианту склоняются такие исследователи, как Хрисанф Мефодиевич Лопарёв, Александр Петрович Рудаков и Игорь Иванович Шевченко, ко второму – составители базы данных по средневизантийской агиографии. При условии отождествления «царя арабов Махди» с халифом аль-Махди (775–785 гг.) 779 год представляется исследователям более вероятной датой смерти святого. Сведения о почитании Илии весьма скудны: под 1 февраля его память отмечена в сирийском Мартирологе Рабана Слибы XIV в., под 4 февраля в грузино-палестинском календаре Х в. В тексте Мученичества Илия именуется «Новым», новомучеником и великомучеником.