После распада Османской империи и избрания Мустафы Кемаля Ататюрка президентом Турецкой Республики патриарх отправил ему поздравительную телеграмму. В этот период Илия III совершил две пастырские поездки (1919 и 1925 гг.) по городам Ближнего Востока и Турции, в ходе которых встретился с Ататюрком в Анкаре, освятил новую церковь св. Ефрема Сирина в Халебе (Сирия), церковь св. Георгия в Захле (Ливан), заложил фундамент церкви св. Ефрема в Вифлееме. Илия III провёл несколько месяцев в Иерусалиме, где переиздавал журнал «Аль-Хикма» («Мудрость») и издавал газеты на сирийском и арабском языках. В 1927 г. отправился на север Ирака, где участвовал в строительстве новых помещений при монастыре св. Матфея (Мар-Маттай). В 1930 г. Илия III возглавил Священный синод в этом монастыре, включавший по его инициативе не только священников, но и мирян. На этом синоде прихожанам было разрешено использовать музыку во время церковной службы и есть рыбу во время поста. В связи с расколом, возникшим среди последователей Сирийской яковитской церкви в Индии, 1 декабря 1930 г. Илия III получил письмо от вице-короля Индии лорда Ирвина, в котором тот просил его способствовать преодолению конфликта. Патриарх решил отправиться в Индию, несмотря на возражения врачей, опасавшихся за его сердце. 6 февраля 1931 г. Илия во главе церковной делегации покинул Мосул, в Багдаде его радушно принял во дворце король Ирака Фейсал I. 8 марта Илия III прибыл в Дели, где встретился с лордом Ирвином в его официальной резиденции. В течение года он посетил несколько индийских городов в разных штатах, встречался со священниками и с мирянами и возглавлял собрания противоборствующих сторон. 13 февраля 1932 г., во время прогулки во дворе церкви св. Стефана в Манджиниккаре, Илия III почувствовал себя плохо и в тот же день скончался. 14 февраля он был погребён с северной стороны от церкви св. Стефана, на холме, где впоследствии были построены церковь и небольшой монастырь св. Игнатия. В 1982 г. Илия III был причислен к лику святых; он особенно почитается сиро-яковитами Индии.