В церкви осуществляется, «продолжается всегда и неизменно единение человека с Христом» посредством таинств, в первую очередь, причащения Тела и Крови Спасителя. «Таинство причащения соединяет людей с Богом и тем самым объединяет и друг с другом». В домостроительстве спасения человека восстановление изначального единства людей с Богом и друг с другом было первой целью Спасителя. Начало воссоздания такого единства положено Христом в Его вочеловечении, поэтому для Илариона воплощение – это основание церкви. Исходя из этого, он толковал слова Спасителя, обращённые к апостолу Петру: «...И Я говорю тебе: ты – Пётр, и на сём камне Я создам Церковь Мою» (Мф. 16:18). Камнем Иларион называл не самого апостола, а его исповедание Иисуса Христа Богом. Развивая толкование этого места, обращал внимание на слово «исповедание», часто употребляемое в отношении слов апостола Петра: «Ты – Христос, Сын Бога Живого» (Мф. 16:16). «Что это значит? Как можно что-нибудь создать на теоретическом исповедании какой-нибудь истины?». Церковь в понимании Илариона не может основываться на сумме знаний, даже богооткровенных, поскольку церковь – это «новая жизнь человечества», более того, это само «новое человечество». Новая жизнь человеческой природы стала возможна только во Христе благодаря восприятию человечества Богом Словом, поэтому «Христос – тот камень, на Котором создана Церковь». Таким образом, для Илариона исповедание Петра – это, прежде всего, исповедание Воплощения, потому что только Богочеловек может быть основанием церкви как богочеловеческого организма. «Исповедание Петра может быть названо основанием Церкви по своему объективному значению, по своему содержанию, потому что в нём исповедан факт воплощения Бога». При этом Иларион подчёркивал, что не идея Воплощения, но сам факт лежит в основании церкви, поскольку церковь – это «продолжение воплощения» или «прямое следствие воплощения». Святого Духа Иларион, как и Христа, называл источником церкви: «Церковь… – не только “единое Тело”, но “един Дух”». Единство Духа для Илариона – это также «органическое» единение. Святой Дух проницает Собой всё церковное Тело и подаёт всем верующим различные дарования, которыми каждый может служить общему делу спасения и через это «делает возможной для человечества новую жизнь». Дух Божий соединяет всех в одно Тело тем, «что вливает в сердце любовь, которая в естественном состоянии человека не может быть основой его жизни и его отношений к другим людям».