Иларион категорически отрицал старания католических учёных, стремящихся доказать, ссылаясь на св. отцов, в частности на святителя Киприана, что для внешнего единства церкви необходимо лицо, объединяющее всех епископов, и таким лицом является Римский епископ. Киприан, писал Иларион, «отрицает чьё бы то ни было главенство в Церкви и говорит о равенстве всех епископов между собою». О единой видимой церкви проповедовали апостолы. Понятие «церковь» для Илариона неотделимо от понятия «община», т.е. видимого общества. Он подверг критике протестантское учение о «невидимой церкви». Характеристической чертой церкви является её святость. В первые времена христианства понятие «святость», подчёркивал Иларион, было тесно связано с жизнью церкви. Аскетический характер древнехристианского мировоззрения виден уже в «Учении двенадцати апостолов»; аскетический идеал жизни, проповедуемый в так называемом Втором послании Климента Римского, соответствует идее святости церкви. Однако святость церкви не заключается в относительной святости её членов; «в Церкви люди только стремятся к святости; она руководит их покаянными подвигами в случае их падений; она же по суду епископа очищает их от грехов властью, данной Господом св. апостолам и после них преемственно сохраняющейся в иерархии... она только одна даёт и силы для нравственного совершенствования». Церковь является хранительницей истины, т.к. обладает Священным Писанием и его «правильным истолкованием». В церкви всегда жило сознание неразрывной связи с апостольским учением, апостольское Предание выступало критерием истины. Учение о церкви как хранительнице истины неразрывно связано и с её иерархическим устройством. «В каждой отдельной Церкви непрерывный ряд преемственно сменявших друг друга епископов может быть доведён до апостолов. Дело епископа – охранять и истинное учение от искажения... Преемственный епископат, следовательно, есть признак истинной Церкви, и без иерархии нет Церкви». Согласно Илариону, к III в. учение о преемстве епископов было настолько усвоено церковным сознанием, что Киприану, например, нет необходимости об этом подробно говорить. Отстаивая учение об апостольском преемстве, Иларион критиковал протестантский взгляд, согласно которому учительство принадлежало лишь харизматическим лицам – евангелистам, апостолам, пророкам, – деятельность их была общецерковной, во главе же каждой общины вначале стояли старцы, из них и выделились епископы и диаконы. Церковная история, указывал Иларион, «может привести много данных за апостольское происхождение епископства в христианской Церкви». Апостолы не только установили епископство, поставили епископов, но и вручили им учительство вместе с управлением.