14 января 1918 г. представил на первой сессии Всеукраинского православного церковного Собора доклад «Возрождение украинской Церкви», в котором выступал сторонником украинской церковной автокефалии. Был членом украинской партии социалистов-федералистов (левоцентристской ориентации). Основатель Каменец-Подольского украинского университета (открыт 22 октября 1918 г.). Занимал руководящие посты в правительствах Украинской народной республики (УНР). Возглавлял Комиссию высших школ при Министерстве образования, благодаря которой на Украине к концу 1918 г. действовало уже пять университетов. Был членом Комиссии по упорядочению украинского правописания. С 5 января 1919 г. – министр народного просвещения и искусств УНР. Был одним из основателей Главной книжной палаты в Киеве (январь 1919 г.); участник комиссий по выработке законов, которыми регулировалась её деятельность. 22 июня 1919 г. с целью организации дешёвых столовых для бедных и детских приютов в Каменце создал филиал Украинского Красного Креста. С 15 сентября 1919 г. – министр вероисповеданий УНР. Добился принятия указа Директории УНР от 7 октября 1919 г. о создании «Украинского Священного Синода». Главой Синода стал протоиерей Василий Константинович Липковский, впоследствии основатель Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ), его заместителем стал И.И. Огиенко. 28 октября 1919 г. он постановил упразднить все духовные консистории и заменить их церковными советами. 1 декабря 1919 г. создал при Министерстве исповеданий Комиссию для перевода богослужебных книг и Священного Писания, произведений отцов церкви, агиографических произведений, книг религиозно-морального содержания на украинском языке. Выступал сторонником украинизации образования. После отъезда Директории УНР из Каменца-Подольска оставался в городе в качестве главноуполномоченного правительства (октябрь 1919 г. – декабрь 1920 г.). После занятия Каменца-Подольска Красной Армией эмигрировал в Польшу. С ноября 1920 г. по сентябрь 1922 г. жил в городе Тарнове (ныне Тарнув, Польша), где основал издательство «Украïнська Автокефальна Церква», выпустил около 50 тематических пропагандистских брошюр, обосновывавших идею украинской церковной автокефалии. В сентябре 1922 г. из-за несогласия с политикой Семёна Васильевича Петлюры вышел из состава правительства УНР. Стал одним из главных идеологов украинского церковного сепаратизма. В книге «Основание автокефалии Украинской Православной Церкви» (Тарнов, 1922 г.) делал выводы о неканоничности присоединения к Московскому патриархату в 1686 г. Киевской митрополии, которая, по утверждению И.И. Огиенко, фактически являлась автокефальной церковью со «староукраинским» языком богослужения.