Участвовал в Предсоборном присутствии РПЦ 1906 г., был председателем третьего Отдела о реформе церковного суда и пересмотре брачного законодательства. 25 января 1907 г. назначен архиепископом Симбирским и Сызранским. С 10 декабря 1910 г. – архиепископ Казанский и Свияжский. Из-за слабости здоровья почти не ездил по епархии. Избран почётным членом Московской духовной академии 26 сентября и Киевской духовной академии 9 ноября 1912 г. Награждён орденами св. Станислава третьей степени (1880 г.), св. Анны третьей (1884 г.), второй (1889 г.) и первой (1896 г.) степени, св. Владимира третьей (1893 г.) и второй (1901 г.) степени, Александра Невского (1907 г.), бриллиантовым крестом на клобук (1916 г.). Участвовал в поместном Соборе Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. Председатель Уставного отдела Собора, почётный председатель Отдела о духовных академиях. В заседаниях Собора участия почти не принимал. Во время первого тура тайного голосования на выборах патриарха 30 октября 1917 г. кандидатура Иакова получила три голоса. 28 ноября того же года в числе старейших и заслуженнейших архипастырей возведён патриархом Тихоном в митрополиты. После занятия в августе 1918 г. Казани войсками Чехословацкого корпуса и Народной армии правительства Комитета членов Учредительного собрания (Комуч) приветствовал новую власть и благословил сбор средств в храмах в пользу Народной армии. В сентябре покинул Казань вместе с отступавшими белыми войсками. В ноябре-декабре 1918 г. участвовал в Сибирском церковном совещании в Томске, был избран его почётным председателем. Исполнял обязанности временно управляющего Томской епархией. Остался в Томске после его занятия Красной Армией в конце 1919 г. В марте 1920 г. патриарх Тихон назначил Иакова митрополитом Томским. 29 мая 1920 г. он был переведён на Иркутскую кафедру. Прибыл в Иркутск 14 июня, а 12 июля того же года был вновь назначен митрополитом Томским. В Томске после конфискации советскими властями архиерейского дома жил в помещении на хорах кафедрального собора. В начале 1921 г. подал прошение об увольнении на покой. Назначен настоятелем Симонова Нового московского в честь Успения Пресвятой Богородицы мужского монастыря, однако в Москву не прибыл. В конце 1921 г. подал патриарху прошение о возвращении к архиерейскому служению, которое не было удовлетворено. В марте 1922 г. арестован, помещён в тюрьму ГПУ, через короткое время был освобождён. Проживал под надзором в томском Иоанно-Предтеченском женском монастыре, где и скончался. Могила Иакова не сохранилась.