Однако со временем отношения И.И. Игнатьева с царевичем стали напряжёнными. Царевич считал, что духовник использует его в своих, порой корыстных, интересах, покрывает проступки своих родственников. В одном из писем Алексей Петрович назвал его «любопристрастным лживцем, неправедным чужим грехом потакателем». И.И. Игнатьев выговаривал царевичу за «гневосодержание» и «памятозлобие», напоминал, что тот обещал почитать и слушаться духовного отца. Во время судебного процесса в 1718 г. Алексей Петрович признался в переписке с духовником и в том, что И.И. Игнатьев хранил письма монахини Елены (бывшей царицы Евдокии Лопухиной) царевичу. И.И. Игнатьев был арестован и лишён сана. Исследователи полагают, что И.И. Игнатьев не был посвящён в план царевича бежать за границу, утверждал, что о его замыслах «никогда не ведал» и писем из-за границы не получал. 19 июня 1718 г. на очередном допросе Алексей Петрович признался, что сказал И.И. Игнатьеву на исповеди: «Я-де желаю отцу своему смерти», а тот ответил: «Бог тебя простит; мы-де и все желаем ему смерти» – и говорил, что в народе наследника любят «и пьют все про его здоровье, называя его надеждою российскою». В тот же день И.И. Игнатьев на очной ставке признался в этих словах и объяснил их тем, что «в народе тягости много». Подвергался пыткам 24 июня и 5 августа; от И.И. Игнатьева требовали указать других лиц, желавших смерти Петру I, но он никого не назвал, объясняя, что слышал это «от людей», но не помнил, от кого именно. 8 августа 1718 г. И.И. Игнатьев был приговорён к смертной казни с конфискацией движимого и недвижимого имущества. 8 декабря того же года обезглавлен в Санкт-Петербурге на Троицкой площади при въезде в Дворянскую слободу, вместе с другими сторонниками царевича Алексея. Переписка царевича с духовником и другими членами московской «компании» хранилась в московском доме И.И. Игнатьева и была спрятана его племянником С. Ивановым, псаломщиком собора Спаса на Верху, незадолго до начала следствия. Она была обнаружена в 1720 г., что привело к возобновлению следствия над уцелевшими участниками событий 1718 г. Останки казнённых находились на специально сделанном эшафоте до 1727 г., когда на престол вступил сын Алексея Петровича император Пётр II.