За время проживания в Николо-Бабаевской обители Игнатий пересмотрел и подготовил к печати четыре тома сочинений, вышедших в 1865–1867 гг.; книга «Избранные изречения святых иноков и повести из жизни их» («Отечник») была опубликована в 1870 г. Все труды по собиранию материалов и изданию сочинений Игнатия взял на себя его брат, посвятивший этому делу 30 лет жизни. Второе и третье собрания сочинений были изданы в 1886 г. и 1905 г. В начале 1917 г. в журнале «Русский паломник» было объявлено о подготовке нового собрания сочинений Игнатия в связи с 50-летием со дня его кончины, но издание не было осуществлено. В 1993 г. в России вышло первое репринтное собрание сочинений в семи томах, за ним последовали издания 1996–1998 гг., 2001 г. и 2001–2002 гг., а в 2001–2007 гг. было осуществлено первое комментированное издание полного собрания сочинений в восьми томах. 16 апреля 1867 г., в день Пасхи, Игнатий в последний раз совершил литургию, а 30 апреля мирно почил. В 1988 г. поместным Собором РПЦ Игнатий был причислен к лику святых. Его мощи находятся в Толгском женском монастыре Ярославской епархии. Игнатий в последние годы жизни пересмотрел и тщательно отредактировал свои сочинения, считая их общехристианским достоянием, а себя лишь исполнителем воли Божией. «Это не моё сочинение, – говорил он об “Аскетических опытах”. – ...Я был только орудием милости Божией к современным православным христианам, крайне нуждающимся в ясном изложении душевного христианского подвига, решающего навечно участь каждого христианина». Его взгляды в течение жизни претерпевали изменения. Немногие биографические подробности, сохранившиеся в его сочинениях и письмах, а также опубликованные в последнее время ранние редакции сочинений показывают, что путь, пройденный им, не был лишён поисков и сомнений, обусловленных происхождением, образованием и впечатлениями юных лет. Вникая в дискуссии 1820 гг., которые велись вокруг деятельности мистических кружков и Библейского общества, Игнатий не мог усмотреть истину ни «в фанатизме, который не был запечатлён Евангельскою кротостию», т.к. дышал разгорячением и превозношением, ни «в учении своевольном, отделяющемся от Церкви, составляющем свою новую систему, суетно и кичливо провозглашающем обретение новой истинной веры христианской, чрез осмнадцать столетий по воплощении Бога Слова». Его не удовлетворяли ни позиция таких ревнителей православия, каким он считал адмирала Александра Семёновича Шишкова, ни позиция его противников – поклонников выходящего за границы церкви «внутреннего» мистического христианства, хотя, судя по некоторым упоминаниям, он склонялся больше к этой партии, о чём позднее сожалел. С первыми его разделяло несогласие с грубым восприятием одной лишь «буквы» православия; со вторыми – опасение, что они не способны отличить истинную духовность от ложной. На мировоззрение Игнатия, прежде всего, через его духовного наставника Льва Оптинского, оказала влияние традиция русского старчества, восходящая к Паисию (Величковскому). Вместе с тем исследователи не могут сказать, что Игнатий безусловно принадлежал к современной ему традиции монашеской жизни. В одном из писем «к иноку Леониду» он рассказывал о «голосе сердца», который говорил в нём в дни юности и побуждал усомниться в предлагаемом наставниками пути монашеского делания, в то время как «другого голоса, другого свидетеля, который бы подтвердил, объяснил свидетельство сердца, – не было».