Благодаря покровительству епископа Вологодского и Устюжского Стефана (Романовского) в 1830 г. Д.А. Брянчанинов поселился в Семигородной (Седмигорской) в честь Успения Пресвятой Богородицы пустыни, где написал «Плач инока». В феврале 1831 г. был перемещён в Глушицкий Сосновецкий во имя Иоанна Предтечи монастырь. 28 июня 1831 г. епископом Стефаном Д.А. Брянчанинов был пострижен в монашество в Вологодском кафедральном соборе с наречением имени Игнатий в честь Игнатия Богоносца, 5 июля был рукоположён во диакона, 20 июля – во иерея и оставлен служить при архиерейском доме. 6 января 1832 г. назначен строителем Григориева Пельшемского Лопотова монастыря Вологодской губернии, который находился в крайнем запустении. Игнатий благоустроил обитель; увеличилось число братии до 30 человек. 28 января 1833 г. за труды по возрождению обители был возведён в сан игумена; тогда же состоялось примирение родителей с образом жизни их сына. Неблагоприятный климат (монастырь находился при реке Пельшме и был окружён болотами) и неустанные труды привели к ухудшению состояния здоровья Игнатия. М.В. Чихачёв по просьбе Игнатия стал искать для него возможность перехода в другую обитель. Попытки найти место в Псковской или Санкт-Петербургской епархии через посредничество графини Анны Алексеевны Орловой-Чесменской оказались безуспешными, и только обращение к Филарету (Дроздову) принесло желаемый результат. Летом 1833 г. Московский митрополит предложил ему место настоятеля Угрешского во имя Николая Чудотворца монастыря, заметив: «Мне не безызвестны жизнь и качества игумена Игнатия». Однако решение Святейшего Синода о переводе было отменено императором Николаем I, который вспомнил Игнатия и пожелал встретиться с ним. «Ты мне нравишься, как и прежде! – сказал император молодому игумену на аудиенции. – Ты у меня в долгу за воспитание, которое я тебе дал, и за мою любовь к тебе. Ты не хотел служить мне там, где я предполагал тебя поставить, избрал по своему произволу путь, – на нём ты и уплати мне долг твой. Я тебе даю Сергиеву пустынь, хочу, чтоб ты жил в ней и сделал бы из неё монастырь, который в глазах столицы был бы образцом монастырей». По личному распоряжению императора в конце декабря 1833 г. Игнатий был назначен настоятелем санкт-петербургской Троице-Сергиевой мужской пустыни Санкт-Петербургской губернии и 1 января 1834 г. возведён в сан архимандрита. В должности настоятеля пустыни Игнатий оставался до 1857 г. Первой его заботой стало установление строгого порядка богослужения, а также внутренней дисциплины жизни братии в соответствии с уставом монашеской жизни. Игнатий ввёл практику откровения помыслов, вникал в духовную жизнь каждого инока. Под его управлением обитель возродилась: были построены три храма и несколько корпусов келий, восстановлены права монастыря на владение землёй, устроено монастырское хозяйство. Финансовую поддержку пустыни оказывала императорская семья, которая благоволила Игнатию. Летом 1836 г. обитель была возведена в разряд первоклассных, вследствие чего число братии увеличилось с 13 до 42 человек. Игнатий привлекал в обитель также монахов из других монастырей.