Позиция Игнатия Диакона позволила ему сохранить сан и статус, а на какой-то период и значительно повысить его. После подавления императором Михаилом II восстания Фомы Славянина в конце 823 г. Игнатий Диакон написал ямбическую поэму «Против Фомы», как полагают исследователи, прославлявшую деяния императора. Скорее всего, поэма, по их мнению, была создана по императорскому заказу, что указывает как на сложившуюся к этому времени литературную репутацию поэта Игнатия Диакона, так и на его относительную близость ко двору. От этого времени сохранилось четыре письма Игнатия Диакона логофету геникона Димохарису (ум. в 826 г.), в которых Игнатий Диакон выступает как патриарший клирик. Вскоре после 829 г. он составил Житие Никифора Константинопольского (в нём упоминается смерть императора Михаила II 2 октября 829 г.), в надписании которого он назван диаконом и скевофилаксом собора Святой Софии. Позднее, как полагают исследователи, при императоре Феофиле (829–842 гг.) Игнатий Диакон был рукоположён во митрополита Никеи. Никейская митрополия, близко расположенная к столице, занимала привилегированное положение, это назначение исследователи склонны рассматривать как знак особого благоволения императора к Игнатию Диакону. Не случайно он иногда отождествляется с Игнатием, автором эпиграммы на Сигме, части императорского дворца, построенной Феофилом около 840 г. Однако идентичность этих лиц у исследователей вызывает сомнения, поскольку в этом случае Игнатия Диакона нужно считать и сочинителем упомянутой выше иконоборческой эпиграммы. Как показывает переписка Игнатия Диакона, к архиерейским обязанностям он относился весьма ответственно, вступая в конфликты с налоговым ведомством и борясь с отчуждением церковного имущества. После Торжества Православия в 843 г. по решению патриарха Мефодия всё иконоборческое духовенство было низложено. Игнатий Диакон лишился митрополичьего сана (этот сан не признавался сторонниками Никифора и Мефодия, поскольку рукоположения, совершённые еретиками, считались недействительными). Место Игнатия Диакона на кафедре Никеи занял исповедник Феофан Начертанный. Относительно того, сохранил ли Игнатий Диакон диаконский сан, у исследователей существуют сомнения, поскольку патриарх Мефодий неоднократно высказывался против принятия иконоборцев (т.е. клириков, имевших церковное общение с иконоборческой иерархией) в «сущем сане». Исследователи полагают, что он был запрещён в служении. Игнатий Диакон удалился или был заключён в монастырь Пикридион, а затем добровольно (или по принуждению) отправился на Олимп Вифинский, в монастырь Антидион, где к нему относились хорошо. Через некоторое время протоспафарий и асикрит Лев пригласил его в столицу, пообещав оплачиваемую работу. Игнатию Диакону, правда, пришлось напоминать Льву о его обещании, но, в конце концов, видимо, не без помощи высокопоставленного покровителя, Игнатию Диакону удалось стать грамматиком (т.е. частным учёным и учителем) в Константинополе. Он посвятил себя литературной деятельности, составил Жития патриарха Тарасия и Григория Декаполита. В это время он, как полагают исследователи, по заказу, работал и над ямбической поэмой, прославляющей деяния императрицы Феодоры, а также одной из предыдущих императриц, возможно, Ирины.