Главное отличие католического вероучения от православного, согласно А.М. Иванцову-Платонову, заключается в догмате о папе «как видимой и непогрешимой главе Церкви – Божием наместнике на земле»; этот догмат составляет основание всей вероисповедальной системы Римской церкви, её устройства. В истории установления догмата о папской власти А.М. Иванцов-Платонов выделяет две фазы: формальное (каноническое) закрепление папского господства в так называемых лжеисидоровых декреталиях и догматическое закрепление (в догматическом учении католической церкви папская идея развивалась преимущественно с XI до XIV вв.). А.М. Иванцов-Платонов рассматривает, на чём основывается учение о главенстве папы, и как нужно понимать слова Иисуса Христа в Лк. 22:31–32 – «не как обещание преимущества, а как предостережение от падения», так и воспринял их апостол Пётр, считает А.М. Иванцов-Платонов. Ни в одном из упомянутых католическими богословами мест, замечает А.М. Иванцов-Платонов, нет указания на то, что Христос дал преимущественную власть над другими апостолами апостолу Петру. Католические богословы утверждают, что и в древней церкви Римские епископы имели власть над епископами других церквей: Климент, Сотир, Виктор, Корнилий, Стефан писали пастырские послания к различным церквам; осуждённый на Востоке гностик Валентин получил окончательное осуждение на Западе, решительными были действия во II в. епископа Римского Виктора по поводу празднования Пасхи и в III в. Стефана в деле крещения бывших еретиков. Все эти факты, отмечает А.М. Иванцов-Платонов, верные, однако выводы из них католические богословы делают неверные. С пастырскими посланиями к другим церквам обращались не только Римские епископы, но и епископы других церквей, например, Антиохийский епископ Игнатий Богоносец писал к различным церквам, в том числе и к Римской. В силу «братского общения» церкви принимали эти послания не с меньшим уважением, чем от Римского епископа (главы о власти папы представляют собой переработанный материал статей, опубликованных в «Православном обозрении»). Исследование «Ереси и расколы первых трёх веков христианства» (1877 г.) автор начинает с обзора источников – сектантских (Климентины, Pistis-Sophia, диалог Вардесана), апокрифических и церковных (писания апостолов, мужей апостольских и др.). А.М. Иванцов-Платонов считал изучение древних ересей, истории сект важным не только для изучения истории церкви, но и для познания «истории развития человеческого духа», «истории человеческой мысли». Церковь с самого начала существования и до позднейших времён развивала свои силы в борьбе с ересями и расколами: одностороннее, неправильное решение какого-либо религиозного вопроса еретиками предоставляло церкви возможность раскрыть правильное решение этого вопроса на основе Священного Писания и Священного Предания. Древние секты в своём первоначальном виде существовали недолго, но многие воззрения перешли от них в более поздние, а затем и в позднейшие. Так, при объяснении возникновения протестантских общин нельзя не обращать внимания на «средневековые секты оппозиционного папству направления», считает А.М. Иванцов-Платонов, – на секты катаров, вальденсов; история же средневековых западных катаров связана с историей средневековых восточных богомилов и павликиан, изучение которых неизбежно приводит к древнейшим христианским сектам – гностицизму и манихейству.