Считал, что Русская и другие славянские поместные церкви должны выступить в качестве посредников в решении вопроса, для чего предлагал созвать совещательный Собор их глав. Признав невозможность созыва такого Собора в ближайшем будущем, выступал за необходимость расширения «частных» контактов высших представителей поместных церквей. В других статьях большое внимание уделял вопросу объединения церквей, старокатоличеству. 22 ноября 1877 г. защитил докторскую диссертацию «Ереси и расколы трёх первых веков христианства. Часть 1: Обозрение источников для истории древнейших сект» и получил степень доктора богословия. В работе учитывались многие образцы ересеологической литературы, в том числе открытый в середине XIX в. труд Ипполита Римского «Философумены». Автор стремился оценить характер памятников и степень их достоверности как источников, подведя итог исследованиям учёных в этой области. После введения Устава духовных академий 1869 г. это была первая публичная защита богословского сочинения преподавателем не из духовной академии. Она привлекла внимание общественности и темой обсуждаемой работы. На защите присутствовали Можайский епископ Игнатий (Рождественский), ректор Московского университета Николай Саввич Тихонравов, председатель Общества истории и древностей российских граф Дмитрий Николаевич Толстой, директор частной гимназии Л.И. Поливанов, ректор Московской духовной семинарии протоиерей Николай Васильевич Благоразумнов, ректор Вифанской духовной семинарии протоиерей Филарет Александрович Сергиевский, редактор журнала «Православное обозрение» священник Пётр Алексеевич Преображенский и др. Вслед за А.М. Иванцовым-Платоновым, который произнёс речь «Ересеологический вопрос в церковной истории, в его развитии и современной научной постановке», выступили официальные оппоненты: профессор Алексей Петрович Лебедев и доцент Николай Иванович Лебедев, а также редактор журнала «Душеполезное чтение» протоиерей Василий Петрович Нечаев (впоследствии Костромской епископ Виссарион), профессор Алексей Степанович Павлов и др. Диспут продолжался больше четырёх часов, он положил начало длительной полемике А.М. Иванцова-Платонова с А.П. Лебедевым. Степень доктора богословия А.М. Иванцову-Платонову была утверждена Святейшим Синодом 14 июня 1878 г. Сочинение высоко оценил немецкий богослов Адольф фон Гарнак, отметивший у автора «трезвый взгляд, любовь к истине, необыкновенные знания и в особенности критическую проницательность». А. фон Гарнак довольно подробно пересказал основные положения сочинения (особенно глав о священномученике Ипполите), считая важным ознакомить с ним немецких учёных. По мнению Михаила Сергеевича Корелина, А.М. Иванцов-Платонов был «по преимуществу критиком», в этом проявился не только склад его ума, но и состояние церковно-исторической науки его времени. Полемику с А.П. Лебедевым после смерти А.М. Иванцова-Платонова возобновил в 1899 г. на страницах «Московских ведомостей» его зять протоиерей Николай Павлович Добронравов (впоследствии Владимирский  архиепископ Николай). За работу «К исследованиям о Фотии, патриархе Константинопольском» А.М. Иванцов-Платонов в 1892 г. был удостоен Макариевской премии.