Предлагал сделать вопросы церковного финансирования предметом широкого общественного обсуждения. Признавал, что «Церковь всегда имеет право сравнивать существующие формы жизни общественной с началами христианскими, и заявляет соответствие или несоответствие между первыми и последними». Также печатался в журналах «Вера и разум», «Душеполезное чтение», «Русское обозрение», «Педагогический вестник» и др. А.М. Иванцов-Платонов первым обратил внимание на Алексея Степановича Хомякова как на богослова, познакомившись в годы учёбы в академии с его воззрениями по рукописным переводам французских изданий, которыми зачитывались студенты. По мнению А.М. Иванцова-Платонова, сочинения А.С. Хомякова проясняли отношения между верой и наукой, верой и жизнью, указав «светлый идеал православия» и возможность «живой самостоятельной мысли… во всех сферах богословских и церковно-исторических исследований». Отводил А.С. Хомякову первое место среди мирян-богословов своего времени. Подчёркивал необходимость издания в России на русском языке всех его богословских сочинений, а также писем, критически отозвался на пражское издание (1868 г.), подготовленное Юрием Фёдоровичем Самариным, отмечал неполноту состава и отсутствие комментариев. А.М. Иванцов-Платонов опубликовал в «Православном обозрении» переводы двух французских брошюр А.С. Хомякова о западном вероисповедании, впервые издал (по рукописи, предоставленной Дмитрием Алексеевичем Хомяковым) сочинение «О Церкви», переиздал (со своим предисловием и обширными примечаниями) письма А.С. Хомякова англиканскому богослову Уильяму Пальмеру и письмо Казанскому архиепископу Григорию (Постникову) по делу У. Палмера. А.М. Иванцов-Платонов отмечал разницу между взглядами А.С. Хомякова и его учеников и последователей славянофилов, полагая, что славянофилы развивают «отрицательные стороны» учения А.С. Хомякова, в частности, критикуют Русскую церковь и русское богословие за заимствование католических и протестантских идей. По словам Владимира Сергеевича Соловьёва, основную ошибку славянофилов А.М. Иванцов-Платонов усматривал в том, что «они высокое призвание России считали как бы какою-то неотъемлемою роковою привилегиею нашего народа», что, по А.М. Иванцову-Платонову, было не согласно ни с христианством, ни с нравственным принципом вообще. А.М. Иванцов-Платонов оказал влияние на формирование взглядов Вл.С. Соловьёва, который писал, что «это был человек необыкновенно впечатлительный к нравственным мотивам, с большим чувством собственного достоинства соединявший редкую внимательность к чужим потребностям и нуждам». А.М. Иванцов-Платонов был знаком со Львом Николаевичем Толстым, который относился к нему с большой симпатией, передал ему корректурные листы своих произведений, которые предполагались к изданию в журнале «Русская мысль», с целью их редактирования и публикации (они так и не были изданы в журнале). Исследователи полагают, что это послужило причиной того, что многие, по словам Ивана Николаевича Корсунского, считали А.М. Иванцова-Платонова чуть ли не толстовцем. А.М. Иванцову-Платонову принадлежит несколько крупных научных трудов. Статья «Очерк истории христианства у славянских народов» (1869 г.) стала первой серьёзной работой по этому предмету в русской церковно-исторической науке. А.М. Иванцов-Платонов подчёркивал необходимость большего внимания к греко-болгарскому вопросу.