Оригинальностью отличаются публично-правовые титулы «Исагоги», тогда как нормы частного права в «Исагоге» и в «Прохироне» довольно схожие. Наиболее заметным содержательным отличием «Исагоги» исследователи считают титулы, регламентирующие статус императора и патриарха. В 1986 г. А. Шминк высказал гипотезу, в соответствии с которой «Прохирон» был издан в 907 г., а не в 870 гг., как обычно считалось. Таким образом, не «Исагога» была составлена на основе «Прохирона», а, наоборот, «Прохирон» – под влиянием «Исагоги». Взгляды А. Шминка на датировку «Прохирона» и «Исагоги» получили в науке неоднозначную оценку. Согласно недавней гипотезе Х. Сигнеса Кодоньера и Ф.Х. Андреса Сантоса, «Исагога» могла быть подготовлена в 880–888 гг. в качестве существенно переработанной и дополненной редакции «Прохирона», составленного в 870–879 гг.; в 887–888 гг. в ходе доработки «Исагоги» для официальной публикации её текст был снабжён схолиями. Первоначально «Исагога» рассматривалась в науке как официально изданный законодательный свод (наподобие «Эклоги», «Прохирона» и т.п.). Этого взгляда придерживался и К.Э. Цахарие фон Лингенталь, осуществивший научное издание «Исагоги». Однако впоследствии он пришёл к выводу, что «Исагога» являлась лишь законопроектом и не была официально опубликована. К.Э. Цахарие фон Лингенталь и его сторонники указывали, что в «Исагоге» содержатся выдержки из «Эклоги», против которой выступали императоры Македонской династии, а потому Василий I не мог издать «Исагогу» в качестве закона. Так, в рукописи, где помещены нормы об имущественных отношениях в семье, часть глав основана на «Эклоге», а часть – на Юстиниановом законодательстве. В схолии одной рукописи сказано, что остальные главы титула добавлены только как противоречащие главам 5–9, а не как имеющие силу закона. К.Э. Цахарие фон Лингенталь полагал, что император Василий I не допустил бы включения в основной текст закона норм «Эклоги», противоречащих законодательству императора Юстиниана. Возражая против этого, Владимир Викторович Сокольский отметил, что Василий I вполне мог признать отдельные Юстиниановы нормы устаревшими и обратиться к «Эклоге». К тому же в рукописи содержится не точное воспроизведение норм «Эклоги», а их переработка. Что касается другой рукописи, то, по мнению исследователей, эти главы, как следует из схолии, отсутствовали в первоначальном тексте «Исагоги» и были внесены в сборник схолиастом. При этом схолиаст вопреки мнению К.Э. Цахарие фон Лингенталя не мог быть редактором законопроекта «Исагоги», т.к. работал значительно позже – в правление императора Льва VI. Учёные, отрицавшие официальный характер «Исагоги», обращали внимание также на то, что она не была использована в последующих правовых сборниках, в том числе в «Новеллах» Льва VI и в «Прохироне» Константина Арменопула. По мнению исследователей, если Арменопул в действительности заимствовал многие нормы из «Исагоги», то в новеллах Льва VI «Исагога» не упоминается. Например, согласно одной рукописи, нотарии должны были знать «Прохирон» и «Василики» как действующие источники права; об «Исагоге» при этом не говорится.