Пресвятой Богородице посвящено также множество калофонических матим Иоанна Клады. Это 15 богородичных величаний (первая половина XVI в., около 1700 г., и др.), а также богородичны «Свыше пророцы» на второй плагальный глас (первая половина XVI в. – с указанием «двухорное», около 1700 г., около 1700 г., конец XVIII в.; Российская национальная библиотека) и на глас (последняя четверть XVII в., начало XVIII в. – с указанием «матима весьма искусная и прекрасная»; Российская национальная библиотека, 1729–1731 гг.), «Весь похвальный, Всенепорочная, закон» на первый плагальный (пятый) глас (Российская национальная библиотека), «Моление приими, Всенепорочная Мати» на второй плагальный глас (с указанием «богородичен, глаголемый святогорский, украшен же лампадарием кир Иоанном» – Российская национальная библиотека), «Потрясошася языцы» на четвёртый глас (богородичен, Российская национальная библиотека), «Всечистая, яко виде Тебе» на второй плагальный глас (крестобогородичен на стиховне на утрене пятницы третьей седмицы Великого поста, 1572 г.), «Исаие, ликуй» на первый плагальный глас (около 1600 г., начало XVII в., 1680 г.; Российская национальная библиотека) и на третий глас, «Богородице, надежда наша» на второй плагальный глас (Российская национальная библиотека), «Храм Твой, Богородице» на четвёртый плагальный глас, «Тя величаем, сущую Богородицу» на второй глас (Российская национальная библиотека), «Приснодеве и Матери Царя» на первый глас (Российская национальная библиотека, первая половина XVII в.) и на первый глас (1728 г., около 1750 г. – с ремаркой «калофоническое и прекрасное»), «Небесных чинов радование» на первый глас, «О, Дево, скорбящих радосте» на четвёртый глас (Российская национальная библиотека), догматики первого гласа «Всемирную славу», второго гласа «Прейде сень законная», третьего гласа «Како не дивимся» и четвёртого плагального гласа «Царь небесный за человеколюбие», воскресный богородичен на стиховне первого гласа «Се исполнися Исаиино проречение». Мноиге богородичные матимы Иоанна Клады переведены в нотацию Нового метода Хурмузием. Весьма многочисленны созданные Иоанном Кладой песнопения пападического мелоса: стихи аниксандариев, «Блажен муж» (первый антифон первой кафизмы), полиелей и антифоны, непорочны (17-я кафизма), а также аллилуарии, херувимские и кратимы. В рукописях содержатся различные наборы аниксандариев на четвёртый плагальный глас, в том числе «Отъимеши дух их», «Послеши духа Твоего», «Буди слава Господня», «Призираяй на землю», «Воспою Господеви в животе моем», «Да усладится Ему беседа моя», «Аз же возвеселюся», «Да исчезнут грешницы», «Благослови, душе моя, Господа» (Российская национальная библиотека). Иногда в рукописях фиксируются отдельные стихи аниксандариев, распетые Иоанном Кладой, например: «Послеши Духа Твоего» (около 1700 г.), «Буди слава Господня». Мелос стиха «Еси тьму» и припева представляет собой осмогласник (Библиотека Академии Наук Российского археологического института в Константинополе, середина XVII в., середина XIX в.). Пётр Пелопоннесский записал «экзегезис» некоторых стихов, например: «Аз же возвеселюся» (1816–1819 гг.), «Еси тьму». Позднее хартофилакс Хурмузий большую часть стихов перевёл в нотацию Нового метода (1818 г.).