В октябре 1439 г. Иоанну из Сеговии и ещё двум участникам Собора было поручено назначить выборщиков нового папы и заняться подготовкой конклава. 5 ноября 1439 г. герцог Амедей VIII Савойский был избран Собором на папский престол с именем Феликс V (1440–1449 гг.; он стал последним антипапой в истории Римско-католической церкви). В этот период Иоанн из Сеговии как посол Базельского собора участвовал в переговорах в Нюрнберге (1438 г.), в Майнце (1439, 1440–1441 гг.) и во Франкфурте-на-Майне (1442 г.) с целью достичь соглашения с императором и германскими князьями. Как представитель Собора посетил города Бурж (в 1440 г.) и Женеву (в 1447 г.). 2 октября 1440 г. Феликс V возвёл его в достоинство кардинала-пресвитера римской церкви Девы Марии (S. Mariae trans Tiberim). С конца 1440 г. по февраль 1442 г. Иоанн из Сеговии участвовал в подготовке к изданию актов и постановлений Констанцского собора. В ноябре 1442 г. антипапа Феликс V назначил его регентом Апостольской палаты (Camera apostolica). В 1449 г. Феликс V отказался от претензий на папский престол и подчинился папе Николаю V (1447–1455 гг.), получив титул кардинала-пресвитера церкви св. Сабины. Иоанн из Сеговии также признал власть Николая V, однако папа счёл незаконным его возведение в кардинальское достоинство. В 1449 г. Иоанн из Сеговии получил в качестве комменды епископство Сен-Поль-Труа-Шато, в 1451 г. – епископство Сен-Жан-де-Морьен, а в 1453 г. был рукоположён в латинского епископа Кесарии Палестинской. Последние годы жизни Иоанн из Сеговии провёл в приорате Этон близ селения Эгбель (Савойя), где работал над сочинениями. Среди них – трактаты «De auctoritate Ecclesiae», или «De insuperabili sanctitate et suprema auctoritate generalium conciliorum» («О власти Церкви», или «О непревзойдённой святости и высшей власти Вселенских Соборов»), «De magna auctoritate episcoporum in concilio generali» («Об огромной власти епископов на Вселенском Соборе»), где подробно излагались основные идеи концилиаризма; обширная «Historia gestorum generalis synodi Basiliensis universalem Ecclesiam repraesentanti» («История деяний Базельского Собора, представляющего всю Церковь»); в работе над этим сочинением Иоанн из Сеговии опирался на дневник, который вёл в ходе заседаний Базельского собора, на протоколы соборных заседаний, на постановления и другие соборные документы; «Liber de substantia ecclesiae» («Книга о сущности Церкви»), «De gladio divini spiritus mittendo in corda Saracenorum» («О мече божественного духа, который должен быть вонзен в сердца сарацин») и др. Иоанн из Сеговии уделял особое внимание угрозе христианскому миру со стороны Османской империи. После падения Константинополя в 1453 г. призывал к «мирному крестовому походу» – межрелигиозному диалогу с мусульманами и постепенному их обращению в христианскую веру. По его просьбе в Этон в 1456 г. прибыл муфтий из Сеговии Иса ибн Джабир, который помогал Иоанну из Сеговии в работе над переводом Корана с арабского на кастильский и латинский языки. Иоанн из Сеговии вёл переписку с гуманистами XV в. Николаем Кузанским, Жаном Жерменом и Энео Сильвио Пикколомини (впоследствии папа Пий II; 1458–1464 гг.). Незадолго до смерти завещал Саламанкскому университету свою библиотеку, в которой насчитывалось 108 рукописей.