В 1906–1915 гг., в период «борьбы за Македонию», в скиту действовала семинария. В 1913–1920 гг. монастырь содержал две школы в Верии. Пожар 1915 г. разрушил часть монастырских келий. Экономический упадок скита Иоанна Предтечи стал причиной потери статуса ставропигиального монастыря. Из его огромных земельных владений (примерно 13,5 тыс. стремм) 4 тыс. стремм в 1933 г. было отдано государством греческим беженцам из Малой Азии. Во время Второй мировой войны насельники скита Иоанна Предтечи помогали греческим партизанам. Один из иеромонахов скита – Виссарион, активный участник Сопротивления, был казнён немцами в г. Александрия (современная ном Иматия). В послевоенные годы в скиту осталось лишь один или два монаха. В 1959 г. по инициативе Веррийского митрополита Каллиника были приняты меры для возрождения монашеской общины. В 1960 гг. был отремонтирован монастырский комплекс и воздвигнут восточный корпус с резиденцией игумена. В 1964 г. к скиту Иоанна Предтечи была проведена дорога. Во время строительства плотин на реке Альякмонас (1975–1985 гг.) были затоплены 200 стремм земли, принадлежавших скиту, где находились пещера Антония Нового Веррийского, ряд аскитириев и церковь XII в. с фресками. В 1976 г. число монашествующих достигло 10 человек. Реставрация монастырских зданий, начатая в 1987 г., продолжается до настоящего времени. Для возрождения в скиту Иоанна Предтечи монашеской жизни митрополит Веррийский Пантелеимон (Калпакидис) обратился к игумену афонского монастыря Симонопетрас с просьбой направить в скит опытного монаха. Тот выбрал иеромонах Порфирия (Бацараса; игумен скита с 2007 г.). В настоящее время в скиту Иоанна Предтечи подвизаются четыре монаха и несколько послушников. Скит формально возвратил себе достоинство ставропигиального (за службой поминается Константинопольский патриарх), но игумен назначается Веррийским митрополитом. Главные источники доходов монашеской общины – продажа алюминия, стекла и другого вторсырья, собранных на городской свалке близ Верии, а также дров из принадлежащего скиту Иоанна Предтечи дубового леса близ реки Альякмонас. Монастырский комплекс, состоящий из трёх дворов, с трёх сторон окружён мощными стенами, а с юга над ним возвышается отвесная скала из естественного пиерийского туфа. Перед входом в скит над источником святой воды построена каменная беседка. В первом дворе находятся резиденция игумена, книжная лавка и птичник. Вдоль северной стены до пожара 1920 г. располагались кельи. Во втором дворе помимо нового соборного храма (кафоликона) находятся архондарик, трапезная, поварня, синодикон (зал для торжественных заседаний), колокольня и пещера, служившая в древности жилищем отшельников, а затем монастырским погребом.