Наиболее развёрнутое его духовное сочинение, «Всякое дыхание да хвалит Господа», определено автором как «имитационная прелюдия и фуга». Сочинение имеет четыре раздела. Вступление («Всякое дыхание») отличает аккордовый склад, диатоническая гармония; второй раздел («Хвалите Господа с небес») содержит имитационные группировки нескольких тем; третий («Яко восхвалят имя Его») – фуга на хроматизированную тему с широкими скачками, с разработкой и стреттной репризой. Современники отмечали, что сочинения А.А. Ильинского «скорее могут быть причислены к духовной концертной музыке, нежели к церковной специально». Музыкальный критик Семён Николаевич Кругликов (1851–1910 гг.) указывал также на ошибки в соотношении текста и музыки, раздробленность формы в сочинении «Молитву пролию». В 1904 г. в Москве был издан словарь «Биографии композиторов с IV по XX в. с портретами», который состоял из трёх отделов: иностранного (242 статьи), русского (122 статьи) и польского (107 статей). А.А. Ильинский был редактором иностранного и русского отделов, Генрих Альбертович Пахульский – польского, вступительную статью к русскому отделу написал С.Н. Кругликов. В «Предисловии» (9 декабря 1903 г.) А.А. Ильинский благодарит музыкального и художественного критика Владимира Васильевича Стасова (1824–1906 гг.) «за сочувствие» к изданию и «ценные указания». Свою цель он видел в том, чтобы «дать в сжатом виде краткие и точные сведения о жизни и деятельности композиторов, с возможно полным перечислением их произведений, стараясь достигнуть наиболее доступного изложения». Статьи размещены в хронологическом порядке. Иностранный отдел «начинается с биографий св. Амвросия и папы Римского Григория I Великого (590–604 гг.) как первых составителей свода церковных песнопений» и заканчивается биографией Рихарда Штрауса (1864–1949 гг.). Русский отдел открывают статьи об иностранных капельмейстерах, служивших при дворе (Франческой Доминико  Арайя, Герман Раупах). По мнению А.А. Ильинского, развитию церковной музыки препятствовало «отсутствие правильной, систематической школы», поэтому раздел биографий русских композиторов церковной музыки начинается лишь с русского композитора украинского происхождения Максима Созонтовича Березовского (1745–1777 гг.). В издании содержатся биографии наиболее известных русских церковных композиторов XIX – начала XX в.: Дмитрия Степановича Бортнянского (1751–1825 гг.), протоиерея Петра Ивановича Турчанинова (1779 1 856 гг.), Алексея Фёдоровича Львова (1798–1870 гг.), Николая Михайловича Потулова (1810–1873 гг.), Григория Фёдоровича Львовского (1830–1894 гг.), Василия Петровича Войденова (1852–1904 гг.), Е.С. Ащеева и др., а также учёных-медиевистов – протоиерея Димитрия Разумовского, Степана Васильевича Смоленского, протоиерея Василия Металлова. Совместно с исследователем народного творчества Александром Леонтьевичем Масловым (1876–1914 гг.) А.А. Ильинский подготовил издание «Стихи, старины и песни для одного голоса с сопровождением фортепиано».