Извольский полагал, что труды Предсоборного Присутствия (сами по себе очень интересные) вскоре обнаружили, что в правящих кругах церкви канонический строй понимался не как внутренняя её самодеятельность, а как новая форма власти: «Теократическая идея всегда жила в Православной Церкви, но сдерживалась железной волей государства, которое, подавляя самостоятельность Церкви, в то же время старалось усиливать её внешний блеск, обставляя её всяческими привилегиями и материальными благами, поддерживая её видимое господство над другими вероисповеданиями». По его мнению, иерархи выбрали опасный путь вмешательства в государственные дела. В качестве примера он приводил статьи в «Почаевских известиях», выступления Саратовского епископа Ермогена (Долганёва) и иеромонах Илиодора, которые порой своевольно и резко критиковали действия правительственных чиновников. Всё это, по словам обер-прокурора, могло привести к возникновению «совершенно нового в нашей истории явления – антагонизма между духовной и светской властью, между Церковью и государством». Исчезновение церковно-государственного союза, олицетворением которого является государь, стало, по мнению Извольского, реальной опасностью. Он считал, что главной задачей иерархов была узурпация прав государства в церковной (или, шире, религиозной) сфере, призывал «положить предел» антиправительственной «церковно-политической агитации», «напомнив Церкви, что источник власти – один, и что всё в государстве должно этой власти покоряться». Извольский полагал необходимым на некоторое время отложить мысль и о созыве Поместного Собора, и о создании такой единоличной церковной власти, «голос которой будет иметь вес и значение в делах государственных. Для этого Церковь в настоящее время не обладает ещё ни достаточной внутренней подготовкой, ни достаточной свободой от влияния политической агитации и политических честолюбцев». Одновременно он призывал охранять внутреннюю самостоятельность церкви в церковно-канонических вопросах, поддерживать духовенство, духовные и церковноприходские школы, православную миссию. 12 июля 1908 г. П.П. Извольский выступил на открытии IV миссионерского съезда в Киеве. В своей речи он подчеркнул, что в основе суждений делегатов, «несомненно, будет лежать воля государя, выраженная в указе 17 апреля 1905 г.», но свобода вероисповедания дана вовсе не «на ослабление и разорение Православия». По сути, как отмечает религиовед Сергей Львович Фирсов (род. в 1967 г.), Извольский заявил о стремлении государства и впредь поддерживать церковь силой внешнего авторитета власти. Опасаясь разрушения государственного устройства «справа», он очевидно недооценивал радикализм левых. Желание сохранить государственный (синодальный) контроль над деятельностью «правой оппозиции» архиереев сочеталось у него с либерально-реформаторскими взглядами относительно системы духовного образования и приходской жизни. Извольский подал в отставку в знак протеста против решения Синода об отмене автономии духовных академий, полагая, что решение этого вопроса следовало отложить до утверждения нового устава академий. Возможно, на принятие решения об отставке повлияло избрание Советом Санкт-Петербургской Духовной академии на должность ректора сомнительной для императора кандидатуры – протоиерея Тимофея Налимова.