Назначение воспринималось как крайне неожиданное: в столичных салонах судачили, что П.П. Извольский «панихиды от молебна отличить не может», «ничего не понимает, окружил себя бездарностями, верит ничего не значащим людям». По словам С. Ю. Витте, П.П. Извольский был «человек очень порядочный», хотя «никогда никакого отношения к церковному управлению не имел и по натуре недостаточно широк для поста Министра». Аналогичных взглядов придерживался и Владимир Иосифович Гурко (1862–1927 гг.), писавший, что Извольский «по характеру человек мелкий и нерешительный, а по природе добрый и не способный к какому-либо противодействию». Будучи обер-прокурором, П.П. Извольский, в целом, проявил себя сторонником самостоятельности церкви, в связи с чем сумел добиться расположения у членов Синода. Он уделял внимание улучшению материального положения духовенства и развитию духовного образования, занимался вопросами правовой регламентации деятельности прихода, был сторонником увеличения числа законных поводов к разводу супругов, выступал за свободу исповедания любой религии при сохранении привилегированного положения православной церкви. В январе 1907 г. П.П. Извольский внёс на рассмотрение Совета министров свои предложения по вопросу об отношении государственной власти к православной церкви, где постулировалась полная свобода церкви в делах внутреннего управления и самоустроения, признавалась необходимость реформирования её внутренней жизни. Проведение реформ правительство полагало компетенцией самой церкви «в лице предстоявшего Поместного Всероссийского церковного Собора» и собиралось содействовать его созыву. Уже в феврале 1907 г. светские власти решили с целью сохранения существующего положения отложить решение вопроса о созыве Поместного Собора, который, по их мнению, мог бы вызвать острую реакцию различных общественных групп, но официального правительственного заявления так и не последовало. 22 марта 1908 г. с трибуны Государственной Думы П.П. Извольский заявил, что будет «отстаивать тот же принцип самостоятельности внутренней жизни Церкви, не отделения Церкви от государства, но союза, основанного на уважении к исконному каноническому строю Церкви». Государство он видел гарантом соблюдения канонических основ церковного строя, «независимости и самобытности» церкви, допуская лишь контроль за церковными средствами. В то же время он не был последователен в своей позиции. По мнению И.И. Толстого, из либерала он стал охранителем. В 1908 г. в записке императору Николаю II П.П. Извольский утверждал, что после отставки обер-прокурора Константина Петровича Победоносцева (1827–1907 гг.) академии превратились в независимые от правящей церкви учёные корпорации, ставящие себе целью свободное, не связанное догматами и учением церкви, исследование вопросов веры, а семинарии не только увлеклись общей школьной смутой, но и дали ей собственный кощунственный отпечаток и незаметно превратились в подготовительные к университету школы, в которых Закон Божий остался второстепенным предметом… Он утверждал, что обновленчество, это рациональное, протестантское движение, по существу своему противное вселенскому православному пониманию церкви Божьей, не встретило со стороны Синода отпора и осуждения.