Кирилл IV обращался к Фахр ад-Дину с предложением провести церковный Собор, на котором епископы утвердили бы на патриаршестве одного из двух претендентов, Кирилла IV или Игнатия III Атыйю (тот, кто не будет признан патриархом, должен был получить епархию в кормление). Однако когда Фахр ад-Дин действительно собрал архиереев на подконтрольной ему территории в сел. Рас-Баальбек, Кирилл IV, оценив расстановку сил, отказался ехать на Собор. Годом раньше Фахр ад-Дин окончательно получил в управление Триполийский пашалык и тем самым имел возможность воздействовать на сторонников Кирилла IV. Митрополиты Южного Ливана, Халеба и ряда епархий в районе Дамаска были настроены к Кириллу IV враждебно. Слуги Фахр ад-Дина силой доставили Кирилла IV на Собор, где тот 1 июня 1628 г. был осуждён за разжигание смуты. Низложенный патриарх был отправлен в заточение, где (по некоторым данным) впоследствии был убит. Участники Собора приняли также 21 постановление, направленное на упорядочение различных сторон церковной жизни. Во избежание повторения недавних конфликтов тщательно оговаривался порядок избрания патриархов, которое должно было проводиться по жребию, гласно, в присутствии всех епископов. Каноны Собора требовали положить конец симонии, практике вмешательства мирян и священников в дела патриархии, ограничивали взимание священниками сборов с прихожан, вводили ряд обрядовых и дисциплинарных регламентаций, касавшихся, в частности, порядка поставления священников и практики сбора пожертвований на церкви и монастыри. Вероятно, по настоянию Мелетия Карамы, известного строгими нравами, были приняты постановления, осуждающие пышные празднества христиан, музыку, пляски и пьянство. Став единственным патриархом, Игнатий III Атыйя, тем не менее, избегал появляться в Дамаске, предпочитая оставаться в Бейруте под защитой Фахр ад-Дина; там с патриархом встречались миссионеры-капуцины. Игнатий III Атыйя, тяжело переживая свою причастность к умерщвлению Кирилла IV, обратился в Рим с просьбой отпустить ему этот грех и прислать милостыню бедствующей Антиохийской церкви. В июле 1631 г. просьбу патриарха рассмотрели в Конгрегации пропаганды веры и в качестве предварительного условия рекомендовали ему принять унию с Римом. Подобно многим восточным патриархам, Игнатий III Атыйя обращался с просьбами о финансовой помощи в Москву. 3 мая 1633 г. он передал с подьячим Леонтием Лазаревским грамоту царю Михаилу Феодоровичу (1613–1645 гг.). Жалуясь на бедность и угнетение «безбожными варварами», патриарх просил не забывать Антиохийский престол и присылать милостыню. Он сообщал, что, по его сведениям, царское жалованье, направляемое Антиохийской церкви, задерживают в Константинополе. Действительно, в 1620 гг. в Константинополь дважды приезжали русские послы с денежными средствами, предназначенными в том числе и для Антиохийского патриархата. Посольство 1624 г. Ивана Кондырева и Тихона Бормосова, не застав в османской столице представителей Антиохийской церкви, вернуло причитавшуюся ей милостыню в Москву, т.к. не имело полномочий передавать деньги через посредников. В 1628 г. посольство Семёна Яковлева и Петра Евдокимова привезло значительную сумму для Игнатия III Атыйи. Характерно, что посольство было отправлено из Москвы в феврале 1628 г., т.е. ещё при жизни патриарха Кирилла IV; следовательно, законным патриархом в Москве считали Игнатия III Атыйю. В ноябре послы передали предназначенную для Антиохийского патриарха милостыню Константинопольскому патриарху Кириллу I Лукарису (1620–1623, 1623–1633, 1633–1634, 1634–1635, 1637–1638 гг.) для отправки в Сирию. По мнению исследователей, более чем вероятно, что он удержал эти средства – Константинопольский патриарх имел все основания рассматривать свержение Кирилла IV Даббаса как личный вызов и существенное сокращение сферы своего влияния на православном Востоке. Растущее могущество Фахр ад-Дина вызывало беспокойство Высокой Порты. Добившись перелома в войне с Ираном, османы в 1633 г. двинули часть высвободившихся войск против мятежного ливанского эмира, который был захвачен в плен, увезён в Константинополь и там казнён. В разгар этих смут Игнатий III Атыйя пробирался из Сайды в Бейрут после участия в похоронах Сидонского митрополита Марка, своего преемника на этой кафедре. Патриарх ехал верхом, с оружием и был по ошибке убит воинами одной из противоборствующих группировок. Похоронен в церкви дер. Эш-Шувайфат близ Бейрута. Антиохийский патриарх Макарий III аз-Заим (1647–1672 гг.) датирует смерть Игнатия III Атыйи 6141 г. от Сотворения мира (1633 г. от Р.Х.), архидиакон Павел Алеппский ошибочно относит её к 6143 г., Ж. Насралла без ссылок на источники указывает апрель 1634 г.