Внутрицерковные проблемы патриархата иллюстрирует ситуация в Бейруте: Иоаким VI поставил Бейрутским митрополитом Парфения, но в источниках с 1594 по 1610 гг. фигурирует другой Бейрутский митрополит – Иоаким, видимо, пребывавший в расколе с патриархом. В этот период на территориях Северной Месопотамии, номинально входивших в состав Антиохийского патриархата, почти не оставалось храмов и священников, христиане были оторваны от церковных центров, религиозные представления населения деградировали. Летописи передают историю о том, как в эти области бежал уличённый в недостойном поведении дамасский монах Ибн Каббаб. Пользуясь тем, что местные христиане никогда не видели архиереев, он выдавал себя за митрополита, проводил хиротонии и собирал подати. Иоаким VI с трудом добился ареста самозванца, но тот, будучи доставлен в Константинополь около 1599 г., принял ислам и тем самым избежал наказания. Вслед за ним обратились в ислам многие христиане данного региона. Этот летописный рассказ – единственное письменное свидетельство прогрессирующего исчезновения христианства в верховьях Тигра и Евфрата (пик этого процесса приходится предположительно на конец XVI – начало XVII в.). Несмотря на нестроения церковной жизни внутри патриархата, Иоаким VI вёл активную внешнюю политику. В 1593 г. синайские монахи вопреки воле Александрийского патриарха Мелетия I Пигаса  избрали епископом некоего Лаврентия, который получил посвящение от двух епископов Антиохийского престола. Мелетий I добивался низложения Лаврентия, указывая на неканоничность его поставления и уличая в связях с Римом. Иоаким VI, не желая конфликта со своими архиереями, поддержал Синайского епископа и ранее 1599 г. ездил в Иерусалим, где вместе с патриархом Софронием IV (1579–1608 гг.) провёл Собор, подтвердивший рукоположение Лаврентия. Однако Мелетию I удалось привлечь остальных патриархов на свою сторону и заставить Лаврентия принести покаяние, после чего он в 1600 г. был вторично поставлен на Синайскую кафедру. После низложения Кипрского архиепископа Афанасия I (1592–1602 гг.), обвинённого в различных злоупотреблениях (1598 г.), Иоаким VI, рассчитывая вернуть Кипр в юрисдикцию Антиохийской церкви и ссылаясь на арабские апокрифические правила первого Вселенского собора, восстановил Афанасия I в сане, чем усугубил конфликты внутри Кипрской церкви. Против этого резко выступил Мелетий I Пигас, выполнявший тогда функции местоблюстителя Константинопольского престола. Отношения двух патриархов особенно ухудшились в сентябре 1599 г., когда Мелетий I угрожал Иоакиму VI извержением из сана. В старости Иоаким VI ослеп. Дамасская община, возглавляемая могущественным шейхом Георгием ибн Самуром, стала тяготиться правлением патриарха и подыскивать на смену ему более дееспособного лидера. Христиане Дамаска заставили Иоакима VI рукоположить одного из христианских старейшин – Абд аль-Азиза ибн аль-Ахмара (в монашестве Дорофей) в сан «митрополита патриаршей кельи», который фактически исполнял функции наместника патриарха. В ноябре 1603 г. Иоаким VI был принуждён сложить с себя сан и возвести Дорофея на патриаршество (Дорофей IV ибн аль-Ахмар; 1604–1611 гг.). Низложенный патриарх покинул Дамаск. По словам хронистов, не одобрявших такого вмешательства мирян в дела церковной иерархии, в ту ночь на город падали «огненные звёзды» (вероятно, метеорный поток Леониды). Однако современники восприняли отречение патриарха спокойно, объяснив это состоянием его здоровья (известен соответствующий колофон монаха Абд аль-Карима Кармы, впоследствии патриарха Евфимия II; 1634–1635 гг.). Иоаким VI удалился в родное село Сисния, а оттуда направился в монастырь великомученицы Екатерины на Синае, рассчитывая на поддержку епископа Лаврентия. По одной версии, патриарх умер по дороге, в Египте, по другой версии, в Синайском монастыре, где и был похоронен.