В октябре 1098 г. крестоносцы захватили мусульманский г. Эль-Бара близ Апамеи и поставили туда латинского епископа. Хотя в городе до того не было православной иерархии, этот акт стал первым шагом к созданию на Ближнем Востоке параллельных латинских церковных структур. По соглашению между вождями Крестового похода власть над Антиохией принял князь Боэмунд Тарентский (1050/1058 – 1109/1111 гг.). Среди крестоносцев он был наиболее враждебно настроен к Византии и к православному Антиохийскому патриарху, которого считал агентом влияния Константинополя. Уже в августе 1099 г. Боэмунд предпринял неудачную попытку отнять у византийцев Лаодикию (ныне Латакия, Сирия), за год до того занятую силами византийского наместника Кипра. Боэмунд благодаря тесным связям с новым папским легатом Даибертом (ум. в 1106 г.), который в конце 1099 г. стал латинским патриархом Иерусалима, мог полностью игнорировать Иоанна IV Оксита. Даиберт, нарушив права Иоанна IV Оксита, поставил в Иерусалиме латинских епископов в антиохийские епархии Тарс, Арта, Мамистра и Эдесса. Крестоносцы подозревали Иоанна IV Оксита в подготовке заговора с целью сдачи Антиохии византийцам. В результате давления с их стороны Иоанн IV Оксит был вынужден покинуть город и вернуться в Константинополь (август–сентябрь 1100 г.). На его место Боэмунд поставил латинского епископа Арты Бернарда Валенсийского. Западные хронисты утверждали, что Иоанн IV Оксит, покидая Антиохию, добровольно сложил с себя сан, однако в действительности он отрёкся от престола только в Константинополе, с тем чтобы последовавшие за ним в изгнание православные епископы избрали ему преемника из своей среды. Отречению Иоанна IV Оксита предшествовал конфликт с монахами константинопольского монастыря Богородицы Одигон, где находилось подворье Антиохийских патриархов. По мнению исследователей, в это время Иоанн IV Оксит написал сочинение «О бегстве», в котором осудил порядки монастырской общины подворья. Сохранился акт об отречении Иоанна IV Оксита, составленный его учеником Мелетием и датированный октябрём 1100 г. Иоанн IV Оксит избрал местом дальнейшего проживания небольшой монастырь Оксия. Известно о его споре в 1108 г. с монахами Оксии о порядке управления обителью (этот конфликт разбирался в Константинополе патриархом Николаем III Грамматиком; 1084–1111 гг.). Последнее по времени упоминание об Иоанне IV Оксите относится к 1112 г., когда он составил антилатинский трактат об опресноках, имевший важное значение для дискуссии византийских богословов об обрядовых расхождениях с Римско-католической церковью. Исследователи предполагают, что самой ранней работой Иоанна IV Оксита (между 1085 и 1092 гг.) был трактат «О монашеской дисциплине и о том, что монастыри не должны передаваться мирянам». Основная тема трактата – харистикариат, традиция, согласно которой византийские аристократы могли владеть монастырями, основанными или купленными ими, или переданными им во владение, как своей феодальной собственностью. Иоанн IV Оксит считал, что подобные явления, широко распространённые в то время в Византии, ведут к деградации института монашества. Известны также его письмо Константинопольскому собору 1089 г. о канонических вопросах взаимоотношений с католиками, два его послания императору Алексею I Комнину, трактаты о Евхаристии (не изданы), о постах (октябрь 1090 г.), об опресноках, флорилегий по вопросам аскетики (не издан), акт об отречении от престола. Текст полемического трактата против монофелитов не сохранился, известен только ответ на него митрополита Тумы аль-Кафртаби.