И хотя церковное единство для восточных было восстановлено, появилось много новых волнений. События с неодолимой логикой разрушали неправильную постановку вопроса о несторианстве на Эфессом соборе. Собор взглянул на дело Нестория как на его личное, игнорируя точку зрения восточных. Теперь пришлось убедиться (по несправедливому, но меткому выражению Александрийского патриарха Диоскора I), что «Несторий не один, Несториев много». Не нужно было быть слишком проницательным, чтобы видеть, что несторианство (в его подлинном выражении) имеет много общего с учением Феодора Мопсуэстийского. Это учение имело прямую связь с учением Диодора Тарского, которого признавали учеником Мелетия Антиохийского и без труда находили параллели его воззрениям в писаниях Евстафия Антиохийского. Эдесский митрополит (с 8 августа 435 г.) Ива стоял в Эфесе на стороне Иоанна, хотя и не выделялся особой энергией. Суровый, ослепший старик, со свойственными ему крутыми замашками, он открыл в сочинениях «Киликийского епископа» корень зла, оповестил об этом Кирилла, и сам вдруг в церкви предал анафеме и Феодора, и тех, которые подобно ему пишут и кто читает его сочинения, и тех, кто не приносит этих книг на сожжение. Вслед за тем он разгромил эдесскую школу так, что и учителя, с их наукой и сочинениями Феодора, и ученики разбежались, некоторые даже в Персию. В Эдессе думали, что престарелый митрополит, прежде сам читавший произведения Феодора, теперь вздумал свести свои личные счёты с Мопсуэстийским епископом, который когда-то срезал его на одном Соборе. В Армении, где между монахами было немало аполлинариански настроенных, увидели в писаниях Феодора возмутительную ересь, сделали подборку из наиболее едких мест и отправили депутацию в Константинополь к патриарху Проклу (434–446 гг.), прося его решить, чьё учение правильное: Акакия Мелитинского или Феодора. Прокл не принял вопроса в такой решительной постановке, но издал свой знаменитый «Томос к армянам о вере». Вместе с выдержками из Феодора он отправил «Томос» к Иоанну Антиохийскому, прося его подтвердить согласием первый, осудить последние (без имени автора) и образумить подведомственного ему Эдесского митрополита. Собор восточных в Антиохии охотно подписал «Томос», но на предложение осудить выдержки (в титуле которых депутаты Прокла к тому же прямо поставили имя Феодора) восточные епископы ответили возгласом, который поддержала и паства: «Да умножится вера Феодора!» Они сказали, что скорее согласятся дать себя сжечь живыми, чем сделать что-нибудь против памяти Феодора. Прокл ответил Иоанну, что, предлагая ему к обсуждению эти выдержки, он только хотел, чтобы восточные высказались против того, что было неправильного в самом учении, и никогда не думал оскорблять анафемой личную память епископа, почившего в общении с церковью. Несколько монахов ходили из монастыря в монастырь и из города в город и всюду сеяли смуту, предъявляя выдержки из сочинений Феодора и (прикрываясь авторитетом Кирилла) требовали против Мопсуэстийского епископа анафемы. Впрочем, Иоанну удалось исправить императорский указ, запрещающий эту агитацию против Феодора. Пока он был жив, отношения к восточным были ещё несколько мягче, но его преемник Домн II (441/442 – 450 гг.) не пользовался у Кирилла и этой долей авторитета.