Но на деле предстояло преодолеть немало затруднений. Иоанн в своём послании Кириллу согласился «иметь Нестория, некогда бывшего епископа Константинопольского, низложенным», анафематствовал «худые и скверные его пустословия» и признал Максимиана (431–434 гг.) законным Константинопольским епископом. Феодорит Кирский ответил охлаждающим вопросом: «А что будет с низложенными» (Несторием и четырьмя митрополитами)? Павел Эмесский не мог склонить Кирилла на отмену низложения даже четырёх митрополитов. Во всяком случае, послание Иоанна разделило восточных на две партии: строгих (непримиримых) и умеренных. Строгие утверждали, что обе причины разделения остаются в силе, т.к. Кирилл своих убеждений не изменил и вероизложению восточных дал свой смысл своим толкованием. Во главе строгих стояли митрополит Иерапольский Александр, епископ Мопсуэстийский Мелетий и митрополит Тианский Евфирий. Умеренные были того убеждения, что всё послание вполне православно и «диаметрально противоположно 12 главам»; как соглашает эти два документа Кирилл, это его дело, и восточных это не касается. Во главе умеренных стояли Феодорит Кирский и Андрей Самосатский, т.е. самые видные догматические знаменитости Востока, авторитет которых в вопросе о предполагаемой «ереси» имел немаловажное значение. Ввиду такого положения дела Иоанн Антиохийский решился на две практические меры. Во-первых, признавая, что и Феодорит своей конечной целью ставит умиротворение церкви, он предоставил ему право «икономии» в самом широком смысле, т.е. уполномочил его даже агитировать против него, если от этого можно ожидать пользы для дела. Во-вторых, Иоанн решился вопрос о «ереси» отделить от вопроса о «человекоубийстве», т.е. от желавших вступить в общение с Антиохийской церковью (а через то и с Александрийской), стал требовать подписи под посланием, умалчивая об анафеме на Нестория и его низложении. Эта полумера возымела действие. Паства, не видевшая никакого смысла в разрыве с Антиохией, почувствовала житейские неудобства от этого раздора, стараясь влиять на своих епископов в смысле единения. Кончилось тем, что постепенно все епархии Восточного диоцеза вступили в общение с Иоанном Антиохийским. В 433 г. был подписан акт о примирении между церквами Антиохии и Александрии. Упорные (Мелетий Мопсуэстийский и Александр Иерапольский) были в 435 г. сосланы (первый в Армению, второй в Египет). Митрополит Иерапольский был настолько беден, что лишь на средства, данные ему его друзьями, смог нанять себе повозку. Иерапольцы проводили его с горькими слезами, заперли свои церкви и хотели прекратить богослужения, пока им не вернут их епископа. Лишь силой светской власти было восстановлено обычное течение церковной жизни. Ещё раньше Несторий из монастыря Евпрепия близ Антиохии был отправлен в ссылку сперва в Петру, потом в оазис в Египет и умер, испытав немало превратностей, около Панополя в 450 г.