Но убеждённый в правоте Кирилла, который всё ещё сидел в Эфесе под стражей, Феодосий II успел уже возненавидеть Нестория всей тупой ненавистью бесхарактерного человека за то, что с его именем связано воспоминание о неудаче. Он то потрясал от ужаса своей порфирой, когда ему говорили, что сторонник Кирилла, Акакий  Мелитинский, называет Бога подлежащим страданию, то затыкал уши, когда при нём говорили о Нестории. За короткое время император издал два противоречащих указа: одним он распустил Собор, прямо признавая Кирилла и Мемнона низложенными, другим увольнял из Эфеса всех, в том числе и Кирилла с Мемноном, признавая их епископами, заявляя перед всеми, что, пока жив, не может осудить восточных, потому что их перед ним ни в чём не обвинили, и просил отцов позаботиться о восстановлении мира церкви. Прошёл почти месяц со дня открытия Собора, и лишь теперь Кирилл и Мемнон подали Собору заявление, что они обижены Иоанном Антиохийским и его единомышленниками, которые лишили их сана. Иоанну и другим 35-ти епископам был послан вызов на Собор, который остался без последствий, т.к. Иоанн не явился, и на следующий день (17 июля) последовало отлучение на 35 епископов. Такие перемены исследователи объясняют очень просто: Кириллу удалось связаться со столицей. Только теперь в Константинополе узнали о разделении епископов и о двух Соборах. Очевидно, 16 июля было получено из столицы известие, что как ни противозаконно осуждение Иоанна со стороны Собора, однако при слабом императоре нужно относиться к нему серьёзно. Феодосий II распустил Собор, не утвердив его, не решив прямо, какая сторона представляет собой голос Вселенской церкви. С официальной точки зрения, можно сказать, что Вселенский собор не состоялся. Восточные епископы вернулись домой и на Соборе в Тарсе повторили низложение Кирилла и Мемнона, присоединив ещё семь депутатов Собора. На Соборе в Антиохии опять повторили свой приговор: 200 епископских подписей скрепили сделанное ими в Эфесе. Но восточные зашли слишком далеко, и тем больше терний было для них на неизбежном обратном пути. Кирилл и Собор были умереннее, поэтому отступление для них было легче. Иоанн Антиохийский со своими сподвижниками был подвергнут отлучению и «прещению» («лишил их всякой священнической должности»). Напротив, Иоанн Антиохийский и его Собор низложили, лишили сана Кирилла, Мемнона и семь других епископов и наложили отлучение от всех прочих. Поэтому, не входя в резкое противоречие с собой, Кирилл мог вступить в общение с восточными. Иоанн, напротив, даже вступив в общение с Кириллом, должен был признать его за мирянина. Возникал вопрос о возвращении ему сана. Раскол между церквами Александрии и Антиохии продолжал усугубляться, однако после того, как император признал Нестория еретиком, патриарх Иоанн I, опасаясь собственного низложения и отлучения от церкви, пошёл на компромисс с патриархом Кириллом Александрийским. Формальное общение Антиохийской и Александрийской церквей было восстановлено благодаря примирительному посланию Кирилла к Иоанну, в котором он текстуально повторил изложение веры, присланное восточными епископами, и затем прибавлял к нему свои разъяснения.