Вначале император, ещё не имея сведений о прибытии Иоанна, с особым курьером прислал свою грамоту от 29 июня, которой отменял всё решённое 22 числа, и требовал рассмотрения дела снова совместно с Иоанном Антиохийским. Но эти приговором остались недовольны обе стороны, потому что та и другая свои решения считали вполне каноническими и отмене не подлежащими. 1 июля обе стороны в этом смысле ответили императору. В обязанности уполномоченных Собора входило пресекать отъезд недовольных решениями имущественных споров, то вокруг Эфеса была устроена своеобразная охрана, чисто полицейская, и этот кордон никого из членов собора не выпускал из Эфеса. Поскольку отцам Собора было запрещено являться с жалобами до окончания соборных заседаний, они были лишены возможности известить императора о том, что произошло в Эфесе. Была применена хитрость: один человек, переодетый нищим, принёс императору документы в высверленной палке. Поэтому он должен был принять решение согласно одностороннему донесению. Когда для императора эти обстоятельства выяснились, он не имел повода ни настаивать на пересмотре дела, ни отменять своё решение. Пришли к мере, очень характерной для половинчатой политики этого императора, который и не хотел отступать от принятого им направления, и не имел твёрдости настаивать на выполнении его воли открыто. Константинопольские дипломаты сделали вид, что император и понятия не имеет о том, что в Эфесе епископы разделились, но имеет сведения о принятых там решениях. Он созывал один Собор и новую сакру адресует к одному Собору, т.е. ко всем епископам, к которым было послано приглашение, не исключая неявившихся и умерших. Он утверждает произнесённый Собором приговор и приглашает отцов в духе мира приступить к дальнейшим совещаниям. Эта сакра была прислана с министром финансов Иоанном, который сделал всё, что мог сделать человек с твёрдой волей. Однако отношения партий были уже до того неприязненными, что нужно было назначить определённый порядок для входа в помещение Иоанна, чтобы не вышло столкновений. Комит имел поручение потребовать от той и другой стороны письменное изложение веры. Восточные согласились, Собор отказался. Отцы заявили: мы знаем веру, и нас сюда вызывали не как еретиков, от которых требуется изложение веры, да и императору это не нужно, потому что он знает православную веру, как сподобившийся крещения. Одним из скрытых побуждения к этому отказу было опасение, что Иоанн Антиохийский слишком легко поплатится за свою выходку против Собора: он с восточными мог подписать изложение веры Собора – и тогда не было бы серьёзных оснований считать его вне общения с церковью, тогда как отцы Собора желали, чтобы «восточные припали к Собору, как согрешившие», и, разрушив все свои постановления, письменно анафематствовали Нестория. Император, наконец, решил вызвать по восемь депутатов от каждой стороны для переговоров с ними, но эти совещания с государем ни к чему не привели: император настраивался на тон той стороны, которая говорила с ним последняя. Бесстрастный по наружности, он не позаботился своей державной властью защитить восточных депутатов от оскорблений халкидонской черни (в Константинополь оказалось невозможным допустить ни тех, ни других депутатов – из-за возмущений «добрых монахов»).