Исследователи не подвергают сомнению, что Игнатий Богоносец знал и использовал в своих посланиях большую часть творений апостола Павла (хотя самые явные цитаты Игнатия Богоносца (в основном, из Первого послания к Коринфянам) свидетельствуют, что ему известно несколько посланий Павла). Игнатий Богоносец преимущественно богослов единства, которое проявляется в Боге Троице, в единстве всех людей и всего творения с Богом, во Христе воплотившемся, и, наконец, в церкви, где реально обнаруживается каждое из единств как одно лично-соборное, кафолическое единство всех и всего в церкви Святой Троицы: «Вы (живые) камни храма Отчего, уготованные в здание Бога Отца; вы возноситесь на высоту орудием Иисуса Христа, то есть крестом, посредством верви Святого Духа; вера ваша влечёт вас на высоту, а любовь служит путём, возводящим к Богу. Потому все вы спутники друг другу. Богоносцы и Храмоносцы, святоносцы (святодухоносцы), во всём украшенные заповедями Иисуса Христа». В своей догматической части послания Игнатия Богоносца также властны и резки. Он заключил догму в краткие выразительные формулы, не терпящие противоречия и требующие признания целиком. Его богословский язык близок к языку Иоанна Богослова. Главная тема Игнатия Богоносца (как и Иоанна Богослова) – свидетельство о Христе, воплотившемся Сыне Божьем, истинном Боге, истинно явленном во плоти, рождённом как человек телесно от Святой Девы Марии и от Святого Духа; Он – единственный Спаситель и Искупитель, Вера и Любовь, Крест и Воскресение, Жизнь и Спасение, Хлеб и Кровь вечной жизни; предвечное Слово Божье и Любовь Божья, новизна бессмертия и нетления для рода человеческого и всего творения Божьего. Его богословие окрашено полемикой с иудейством и докетизмом. Иудаисты отрицали божество Христа, докеты – реальность Его воплощения, учили о докетичности (т.е. лишь о видимости тела и страдания Христа), в то время как для Игнатия Богоносца страдание Христа, Его Крест и Жертва Любви – единственное спасение и жизнь вечная: «Иисус Христос, истинная жизнь наша, силён в этом (т.е. в воплощении, страдании, воскресении). Если же Господь наш совершил это призрачно, то и я ношу узы только призрачно». Игнатий Богоносец противопоставляет еретикам своё личное страдание за Христа, но ещё больше – живую веру церкви в живого Христа Бога во плоти, а также заповеди и предание апостолов в единстве кафолической (соборной) церкви, в соборном единстве всех верующих вокруг епископа. Из апостольских учеников Игнатий Богоносец больше других подчёркивает существование Бога как Предвечной Троицы (хотя и не использует это слово), в Которой Три Божественные Ипостаси ясно различаются между Собой: «Старайтесь благоуспевать в Сыне и в Отце и в Духе» и «Христе и Отце и Духе». Иисус Христос «был прежде век у Отца и наконец явился видимо», «изшёл от Единого Отца и в Едином пребывает, и к Нему Единому отшёл», «Господь без Отца, по Своему единению с Ним, ничего не делал Сам Собою», «Един есть Бог, явивший Себя через Иисуса Христа, Сына Своего, Который есть Слово Его, происшедшее из молчания», Сын Божий есть «Божие знание» и «воля Отчая», Иисус Христос – «Сын Человеческий и Сын Божий», также и «Дух (Святой) – от Бога».