В прологе сказания о преподобном Иоанне Молчальнике (454–559 гг.), помещённом в Великих Минеях-Четьих Московского митрополита Макария, Иоанн III представлен как отступник от православной веры, отрёкшийся от Халкидонского собора и принуждавший к тому же преподобного Иоанна Молчальника – насельника лавры Саввы Освященного. В «Житии Иоанна Молчальника», написанном Кириллом Скифопольским, эти сведения не упоминаются, хотя отмечено, что Иоанну Молчальнику пришлось претерпеть гонения за православную веру. Славянское проложное «Сказание», несомненно, является переводом с греческого оригинала, который остаётся неизвестным. Это «Сказание» вполне достоверно отражает неоднозначное отношение к Иоанну III в среде палестинского монашества. Учитывая, что он дважды обещал имперским сановникам осудить Халкидонский собор, некоторые наиболее ревностные его защитники (как Иоанн Молчальник) могли обвинять Иоанна III в сочувствии монофизитству. Кроме того, Иоанн III занял кафедру вместо изгнанного Илии и почти три года управлял церковью при живом предшественнике (Илия скончался 20 июля 518 г.), что ставило под сомнение законность его возведения на престол, т.к., согласно Кириллу Скифопольскому, Илия, несомненно, был изгнан за приверженность к православной вере, и тогда в отношении Иоанна III, занявшего его кафедру, возникло подозрение в сочувствии ереси. После смерти императора Анастасия I (10 июля 518 г.) и патриарха Илии полемика по вопросам вероисповедания перестала быть актуальной, а новый император Юстин I (518–527 гг.) был сторонником халкидонского православия. 20 июля 518 г. на Соборе в Константинополе было восстановлено вероучение Халкидонского собора и анафематствованы монофизиты во главе с Севиром Антиохийским. Вскоре Константинопольский патриарх Иоанн II Кападокиец (518–520 гг.) известил об этом Иоанна III. Император Юстин I распорядился также вернуть из ссылки изгнанных по религиозным причинам при Анастасии I. 6 августа 518 г. Иоанн III созвал Собор палестинских епископов, на котором подтвердил принятые в Константинополе решения. На Соборе присутствовали 33 епископа и много монахов и игуменов во главе с Саввой. Затем Иоанн III направил Савву в Кесарию и другие города Палестины, чтобы довести до сведения местного клира и народа распоряжения императора и решения Константинопольского и Иерусалимского соборов. Акты Иерусалимского собора известны исследователям из текста ответа Иоанна III Константинопольскому патриарху Иоанну II. По сути, они полностью совпадают с решениями Константинопольского собора, но содержат большое количество библейских цитат, призванных подтвердить принятые решения. В корпусе посланий Вьеннского епископа Авита (около 421 – около 525 гг.) сохранилось недатированное послание, адресованное «Иерусалимскому епископу (папе)», в котором Авит, восхваляя кафолическую веру своего корреспондента, просит у него частицу Животворящего Древа. Отсутствие даты и имени не позволяет исследователям определить, направлено ли письмо Иоанну III или его предшественнику Илии. Первый вариант они считают более вероятным, т.к. до преодоления акакианской схизмы в 519 г. Авит вряд ли вступал в переписку с восточными епископами, поскольку это могло вызвать недовольство в Риме. 519 годом датируется послание Авита Константинопольскому патриарху Иоанну II, где выражается радость по поводу окончания схизмы. Послание к «Иерусалимскому папе», по мнению исследователей, можно датировать тем же временем. В ряде византийских Синаксарей и Минологиев под 26 или 29 марта значится память Иоанна, патриарха (или архиепископа) Иерусалимского. По мнению болландистов, здесь имеется в виду именно Иоанн III. Однако учитывая дату интронизации Иоанна III и срок его пребывания на кафедре, указанный Кириллом Скифопольским, он умер в конце мая – начале июня 524 г., а не в марте. По мнению бельгийского учёного Жерара Гаритта (1914–1992 гг.), дни памяти 19 апреля, 9 июля и 26 ноября некоего архиепископа Иоанна Иерусалимского, содержащиеся в грузинских календарях, которые отражают древнюю традицию Иерусалимского богослужения, относятся к Иоанну III. Исследователи считают, что неоднократно упоминаемую в этих календарях церковь во имя св. Иоанна Предтечи, воздвигнутую неким патриархом Иоанном, построили по инициативе Иоанна III.