Иоанн Милостивый был уроженцем г. Амафунт (Кипр), его отец Епифаний (по другим данным, Стефан) был высокопоставленным чиновником, сыном сановника. Иоанн Милостивый получил блестящее образование. В возрасте 15 лет он удостоился видения прекрасной девы в венке из ветвей оливы, которая назвалась «первой из дочерей Царя». Позже он понял, что это было «Сострадание» (или же «Милосердие») и с тех пор никогда не отказывал нуждающемуся и всегда с радостью творил милостыню. Повинуясь воле отца, Иоанн Милостивый женился. После кончины жены и двух сыновей он исполнил своё давнее желание и принял постриг. Вскоре его доброта и милосердие стали известны не только простым людям, но и императору Ираклию I (610–641 гг.), который по инициативе патрикия Никиты, с 610 г. управлявшего Египтом, поставил его Александрийским патриархом. Великое милосердие Иоанна Милостивого и его искренняя забота о жителях города проявились со дня его интронизации, когда он приказал накормить более 7,5 тыс. бедняков. На следующий день он распорядился унифицировать меры веса в торговле. Каждую среду и пятницу Иоанн Милостивый принимал просителей, сидя перед церковью, при этом весьма печалился, если за весь день никому не помог. Он принял ряд мер против монофизитов: следил за тем, чтобы «Трисвятое» пелось без фразы «распныйся за ны» с – прибавления, введённого, согласно анонимной версии «Жития», Антиохийским патриархом Петром II Кнафеем (469–471, 475–476, 478–479, 485–489 гг.); при рукоположении епископов и иереев требовал письменного подтверждения верности четырём Вселенским соборам и др. Траты, совершаемые Иоанном Милостивым (помощь беднякам, горожанам, пострадавшим от грабежей, судовладельцам, лишившимся кораблей в буре, и др.), вызывали недовольство светских властей, в частности патрикия Никиты. Однако вскоре благодаря божественному вмешательству Никита был пристыжен, раскаялся и получил прощение от Иоанна Милостивого, ставшего крёстным отцом его детей и много наставлявшего его как в духовных, так и в государственных делах (например, в вопросе регулирования цен на продукты). Милосердие Иоанна Милостивого распространялось не только на жителей Александрии, но и на многочисленных беженцев из захваченной арабами Сирии (в первую очередь, на священников). Расходы на странноприимные дома, больницы для раненых и обильные подаяния беднякам и беженцам истощили казну патриархата, и наступил голод, который прекратился благодаря божественному вмешательству. В 614 г., после взятия Иерусалима персами, Иоанн Милостивый выкупал палестинских пленников. Сведения о помощи Иерусалимскому патриархату содержатся как в анонимной версии «Жития Иоанна Милостивого», так и в написанной Леонтием Неапольским. В анонимной версии сообщается о его глубокой скорби по поводу разграбления Иерусалима и о составлении им плача, который позже он велел записать. Кроме того, Иоанн Милостивый отправил средства на восстановление разорённых церквей и монастырей, продукты, вино и одежду для мирян и монахов. Специальное посольство, состоявшее из Амафунтского епископа Феодора, игумена монастыря на горе св. Антония епископа Анастасия и Ринокорурского епископа Антония, было отправлено к персам для выкупа пленных. Леонтий Неапольский внимателен к деталям – он указывает точное количество зерна (1 тыс. мешков), денег (1 тыс. номисм), железа (1 тыс. литр) и египетских рабочих (1 тыс. чел.), отправленных в Иерусалим, – но его осведомлённость о событиях 614 г. ставит под сомнение тот факт, что он ошибочно упоминает в качестве Иерусалимского патриарха не святителя Захарию (609–632 гг.), находившегося в тот момент в персидском плену, а местоблюстителя святителя Модеста (632–634 гг.).