В июле 1341 г. (август считается спорной датой) без согласия Иоанна XIV Калеки (хотя патриарх и участвовал в заседаниях) Иоанн Кантакузин созвал новый Собор, на котором председательствовал как император. На Соборе паламитам не удалось ни осудить Акиндина, ни ввести специфические паламитские идеи в томос. Иоанн XIV Калека подписал соборный томос, в котором по-прежнему не было каких-либо окончательных решений и анафем. Позиция Иоанна XIV Калеки видна из его распоряжения Феодору Дексию прочесть отрывок из сочинения святителя Василия о невозможности познать Бога, что Григорий Акиндин истолковал в свою пользу. Патриарху же принадлежит присоединённый к томосу запрет продолжать дискуссию. До сентября 1341 г. ситуация оставалась неопределённой. Осенью в политическую борьбу вступают братья Асаны и Иоанн Апокавк. Иоанн Апокавк обещает Иоанну XIV Калеке поддержку, но отношения между ними остаются напряжёнными, т.к. Апокавк не перестаёт интриговать против патриарха. В это время Кантакузин собирался поддержать Григория Паламу. До Иоанна XIV Калеки доходит слух (пущенный, вероятно, Апокавком), что Палама должен стать патриархом вместо него. 26 октября 1341 г. Кантакузин в Дидимотихе был провозглашён императором, а 19 ноября 1341 г. Иоанн XIV Калека в Константинополе короновал Иоанна V Палеолога, тем самым окончательно разорвав отношения с партией Кантакузина. Летом 1342 г. к сторонникам патриарха присоединяются и влиятельные «архонты», в основном, родственники Ирины-Евлогии Хумнены Палеологины, покровительницы Григория Акиндина. Ирина настроила против Паламы женщин из влиятельных семей. Осенью 1342 г. Иоанн XIV Калека позволил Акиндину устно полемизировать с Паламой, т.к. Палама уже начал полемику, нарушив запрет. Весной 1343 г. Палама и шесть его учеников были схвачены в храме Святой Софии. Палама был отправлен в дворцовую тюрьму, а из-за вопиющего нарушения права убежища в храме пострадал авторитет Иоанна XIV Калеки. В марте 1343 г. появилось распоряжение Иоанна V Палеолога, которое подтверждало право убежища в храме, но только для тех, кто ищет его в специально отведённых для этого местах (участие Иоанна XIV Калеки в составлении этого документа у исследователей не вызывает сомнения). 4 ноября 1344 г. Григорий Палама был отлучён от церкви вместе с будущим патриархом Исидором (1347–1350 гг.). В это же время Иоанн XIV Калека сообщил монахам о содержании томоса 1341 г., запрещавшего дискуссии по богословским вопросам. В 1344–1345 гг. начались преследования богомилов, укрывавшихся на Афоне, которые использовали полемику с Паламой для пропаганды своего учения. На Соборе в Карее (Афон) в 1344 г. осуждены на изгнание монахи Великой Лавры Иосиф Критский (богомил, ересиарх, отрицавший рождение Христа), его ученик Георгий из Лариссы и ещё четыре монаха. В ноябре-декабре 1344 г. Григорий Акиндин был рукоположён Иоанном XIV Калекой во иерея. В церковно-правовом контексте это решение объяснимо, т.к., согласно канонам, цитированным в томосе 1341 г., светский богослов не имел авторитета в церкви. По мнению исследователей, вряд ли можно считать достоверным утверждение Паламы о том, что рукоположение Акиндина произошло против воли императрицы и Апокавка и вызвало протест синклитиков, обратившихся к Иоанну XIV Калеке с письмом. Тезис о смещении Иоанном XIV Калекой в 1344–1346 гг. епископов, поддерживавших Паламу, опровергается Г. Вайсом, т.к. в это время лишились кафедр также некоторые противники Паламы. 11 июля 1345 г. в Константинополе был убит великий дука (главнокомандующий войсками провинции) Иоанн Апокавк, что вызвало волнения, продолжавшиеся месяц. Верховная власть в столице была передана паниперсевасту (верховному сановнику) Исааку Ангелу и мистику Киннаму. Исследователи расходятся во мнениях об участии Иоанна XIV Калеки в деятельности нового правительства и о его положении в политической борьбе в это время. 21 мая 1346 г. Иоанн Кантакузин с супругой был коронован в Адрианополе титулярным Иерусалимским патриархом Лазарем (противником Иоанна XIV Калеки). Там же Собор оппозиционных патриарху епископов принял решение о низложении патриарха Константинополя (И. Мейендорф). Летом 1346 г. Иоанн XIV Калека советовал императрице Анне Савойской искать примирения с Кантакузином, но его мнение было отвергнуто, т.к. до осени Анна надеялась на западную военную помощь против узурпатора. Этот совет Иоанна XIV Калеки привёл к потере доверия к нему императрицы. В сентябре 1346 г. Анна приняла жалобу на Иоанна XIV Калеку, подписанную многими низложенными им митрополитами и епископами, которые обвиняли патриарха в симонии, непотизме и недостойном сана вмешательстве в политику. 2 февраля 1347 г. на заседании Священного Синода под председательством Иоанна V Палеолога, созванном императрицей Анной Савойской, Иоанн XIV Калека был низложен. Там же был подтверждён соборный томос 1341 г., и были отлучены от церкви Григорий Акиндин и его сторонники. 8 февраля паламиты открыли ворота Константинополя Кантакузину, новый Собор подтвердил низложение Иоанна XIV Калеки. Он был заключён в монастырь св. Василия в Константинополе, затем переведён в Дидимотих и уже больным и морально сломленным возвращён в Константинополь, где скончался «в железах». Был известен своими литературными трудами. Сохранилось собрание его проповедей, большинство из которых никогда не издавались. Его перу принадлежат неизданные полемические сочинения против паламитов и «Апология», а также 34 документа канонического характера, в которых речь идёт о браке и семейной жизни, о епархиальном управлении и монастырях. Опубликованы его «Объяснение томоса 1341 г.», акты, издававшиеся Константинопольским Священным Синодом в период его патриаршества. Его «Речь на коронацию Иоанна V Палеолога» исследователи считают образцом стиля подобных произведений в XIV в.