Все его богословские и экзегетические сочинения утрачены. Египетский хронист Иоанн Никиуский (конец VII в.) упоминает о некой «Мистагогии» патриарха Иоанна, которая была написана в 565 г. Если сочинение действительно принадлежало Иоанну III Схоластику, то в нём исследователи видят своего рода предтечу учения монофелитов. Тем не менее, для Иоанна Эфесского Иоанн III Схоластик оставался «полунесторианином». Из других сочинений Иоанна III Схоластика  известна его «огласительная проповедь» 568 г., изложение которой сохранилось в «Библиотеке» патриарха Фотия I Великого (858–867, 877–886 гг.). Исследователи полагают, что она совпадает по тексту с «Мистагогией» или с её частью. Рассуждения Иоанна III Схоластика о единосущии Лиц Святой Троицы в этом сочинении, согласно Фотию, вызвали критику со стороны тритеиста Иоанна Филопона. Тем не менее, у исследователей нет оснований усомниться в приверженности Иоанна III Схоластика халкидонскому православию, что подтверждает его критик-монофизит Иоанн Эфесский. Иоанн III Схоластик признаётся автором двух важных церковно-юридических сборников. Из них первый принято называть «Синагога 50 титулов», второй – «Собрание 87 глав» (Collectio LXXXVII capitulorum). Оба сборника предназначались для использования в церковных судах и содержали церковно-канонический и юридический материал, систематизированный по главам для удобства применения. Оригинальное название – «Синагога канонов» или (согласно некоторым рукописям) «Синагога церковных канонов». Сборник представляет собой компиляцию из церковных канонов (правил), тематически распределённых по 50 разделам (титулам). Точное время составления сборника неизвестно; некоторые рукописи указывают в качестве автора Антиохийского пресвитера Иоанна, другие – епископа Константинополя Иоанна. Наиболее вероятно, что Иоанн III Схоластик занимался составлением сборника до возведения в сан патриарха. В сборник вошли 85 правил святых апостолов, избранные правила четырёх Вселенских и шести Поместных соборов (Анкирского, Неокесарийского, Гангрского, Антиохийского, Лаодикийского и Сардикийского), а также два канонических послания Василия Великого к Амфилохию Иконийскому (второе и третье), которые были разделены составителем на 68 правил (в современной нумерации это правила 17–85). Важной особенностью «Синагоги 50 титулов» было отсутствие в ней 28-го правила четвёртого Вселенского собора, которым устанавливались равные права Константинопольской и Римской епископских кафедр. По предположениям некоторых учёных, в основу этого сборника было положено более раннее собрание канонов Антиохийской церкви, где 28-е правило четвёртого Вселенского собора могло отсутствовать. Сборник состоит из нескольких частей. В начале помещено программное предисловие Иоанна III Схоластика, где упоминается несохранившийся «Сборник 60 титулов», в котором отсутствовали правила Василия Великого, а материал не был распределён по главам строго тематически. За предисловием следует раздел «Последовательность соборов» – хронологический перечень десяти Вселенских и Поместных соборов, правила которых вошли в сборник (исследователи находят примечательным отсутствие в этом перечне поместного Карфагенского собора 419 г.). Затем следует подробный индекс (оглавление), в котором перечислены заглавия титулов и отмечены правила, относящиеся к данной теме. Далее помещены главы (титулы) с полным текстом правил. Сборник первоначально не содержал комментариев, однако впоследствии в ходе его использования в юридической практике Византии такие комментарии в большом количестве появились в виде пометок на полях рукописей (маргинальных схолий). Они были изданы российским историком и юристом Владимиром Николаевичем Бенешевичем (1874–1938 гг.) в приложении к основному тексту сборника. Во второй половине IX в. (вероятно, после 870 г.) «Синагога 50 титулов» была выборочно переведена на славянский язык равноапостольным Мефодием. Этот перевод в научной традиции получил название «Номоканон Мефодия». «Собранию 87 глав» (оригинальное название – «Различные постановления изданных после Кодекса божественных новелл блаженной памяти Юстиниана, согласные с божественными и священными канонами...») предпосланы краткое предисловие и оглавление с кратким изложением содержания каждой главы. О времени составления сборника существуют различные мнения. Согласно традиционной точке зрения, «Собрание...» было составлено Иоанном III Схоластиком после смерти Юстиниана, уже в период его патриаршества (указание на это имеется в предисловии к сборнику).