Однако диспут не привёл стороны к согласию, и власть усилила давление на монофизитов. В 571 г. в их положении произошла перемена. По настоянию Иоанна III Схоластика император решил произвести давление на константинопольских монофизитов. Их монастыри (мужские и женские) были оцеплены солдатами. После принудительного причащения из рук православных священников и замены монофизитских икон православными было объявлено состоявшимся общение этих монастырей с православной церковью. Упорствующих монахов и монахинь посадили в тюрьмы. Обращённые таким образом монастыри посетили император и императрица и награждали покорных подарками. С монофизитскими иерархами также было заключено общение, возбуждая в них надежды, что Халкидонский собор так или иначе будет отменён. Принятые «в сущем сане» епископы, пресвитеры и диаконы монофизитов отслужили 36 литургий вместе с православными. Но затем Иоанна III Схоластика сделал попытку признать их хиротонию недействительной и рукоположить их снова. Как уверяет Иоанн Эфесский, патриарх по своей инициативе задержал четырёх епископов-монофизитов, долгое время проживавших в столице: Павла Афродисийского, Стефана Кипрского, Елисея и Иоанна Эфесского. Монофизиты содержались под арестом в патриархии. Иоанн III Схоластик предложил им пойти на соглашение с халкидонитами, взяв за основу документ о церковном примирении, заключённом в 433 г. между Кириллом Александрийским (412–444 гг.) и Иоанном I Антиохийским (428 – 441/442 гг.). Монофизиты согласились при условии провозглашения анафемы Халкидонскому собору, но в ответ получили уклончивое обещание Иоанна III Схоластика, что это будет сделано после восстановления церковного единства. Тем временем император Юстин II подготовил текст соответствующего государственного постановления и отослал его задержанным епископам. Их правка была принята, однако придворные строгие халкидониты убедили Юстина II сделать дополнительную запись, что ничто из прежних установлений и обычаев не будет впредь отменено (в том числе и постановления Халкидонского собора). Император подписал этот документ и требовал его принятия от монофизитов, но они упорствовали, и их продолжали держать под арестом. Некоторые миряне-монофизиты видели в этом соглашении средство предотвратить гонения на них, а Иоанн III Схоластик стремился утвердить их в этой мысли. В результате под давлением паствы епископы уступили и присоединились к литургическому общению с православными. Они даже дважды вместе сослужили с Иоанном III Схоластиком и совершали евхаристию. Однако когда они вновь напомнили Иоанну III Схоластику о проблеме Халкидонского собора, он сослался на авторитет Рима и предложил им самим сделать запрос папе и поступить в соответствии с его распоряжением. Поскольку позиция Рима в отношении Халкидона была хорошо известна обеим партиям, монофизиты восприняли это заявление Иоанна III Схоластика как издевательство, после чего демонстративно разорвали общение с ним и были вновь арестованы. Попытка уладить дело на заседании константинопольского синклита также провалилась: епископы открыто произнесли анафему учению о двух природах, после чего были отправлены в ссылку. 7 декабря 574 г. Иоанн III Схоластик принимал участие в церемонии провозглашения Тиверия кесарем и соправителем императора Юстина II. Иоанн Эфесский пишет об Иоанне III Схоластике как о тиране и гонителе монофизитов, пользовавшемся влиянием на слабого императора Юстина II. Он упоминает, что даже халкидониты, зная жестокость Иоанна III Схоластика, сочувственно относились к арестованным монофизитским епископам. Тем не менее, «преследование» носило демонстративный характер и не распространилось на провинции империи. Иоанн Эфесский был возвращён в столицу в 574 г. и мог оставаться в городе, находясь при этом под строгим надзором чиновников Иоанна III Схоластика. Он сообщает также, что в последние два года жизни Иоанн III Схоластик был тяжело болен, и эта болезнь стала причиной его смерти. Несмотря на тенденциозность, описание позволяет судить о направлении церковной политики Иоанна III Схоластика. Его участие в диспуте 570 г. не является необычным для VI в. Диспуты и собеседования представителей разных церковных общин, в том числе с участием высокопоставленных иерархов, были довольно частыми. Ведя собеседования с противниками православия, Иоанн III Схоластик (как и другие их участники) получал возможность глубже разобраться во взглядах другой стороны и искать новых путей сближения с ней. В этой связи показательна идея Иоанна III Схоластика использовать соглашения 433 г.