Действия, предпринятые по совету Иннокентия XII королём Испании Карлом II Габсбургом (в отсутствие наследника составить завещание в пользу герцога Анжуйского Филиппа, внука короля Людовика XIV), стали причиной «войны за испанское наследство» (1701–1714 гг.), которая началась уже после смерти папы. В понтификат Иннокентия XII окончательно перешла в унию православная Перемышльская епархия. В июне 1690 г. епископ Перемышльский Иннокентий (Винницкий) сообщил в Рим и Варшаву о своём намерении публично объявить об окончательном переходе в юрисдикцию папы Римского. 3 апреля 1691 г. в Самборе (Галиция) открылся епархиальный Собор духовенства и мирян Перемышльской епархии, на котором было принято решение о присоединении к унии. 23 июня 1691 г. в Варшаве в присутствии папского нунция епископ Иннокентий присягнул на верность Иннокентию XII, недавно избранному на Папский престол. В июле 1691 г. епископ Иннокентий (Винницкий) опубликовал два послания к духовенству и мирянам Перемышльской епархии: в одном он извещал паству о присоединении епархии к унии, в другом – об избрании Иннокентия XII. В том же году по инициативе епископа Перемышльская епархия приняла участие в праздновании юбилейного года в Риме по случаю избрания и коронации нового понтифика. К моменту перехода в унию Иннокентия (Винницкого) Перемышльскую кафедру униатской Киевской митрополии занимал Иоанн Малаховский. В связи с кончиной в августе 1691 г. униатского Холмского епископа Александра Августина Лодзяты папа по предложению польского короля Яна III Собеского (1674–1696 гг.) перевёл Иоанна Малаховского на Холмскую кафедру и передал Перемышльскую епархию целиком Иннокентию (Винницкому). Епископ принял меры по реформированию епархиальной структуры и церковной жизни паствы на основаниях, принятых в униатской церкви. В апреле 1693 г. он провёл епархиальный Собор, постановления которого в 1694 г. были опубликованы на польском языке под заголовком «Устав церковного управления». Их латинский перевод епископ направил в Рим для утверждения папой. 26 октября 1693 г. скончался глава униатской церкви в Речи Посполитой митрополит Киприан Жоховский. Папский нунций в Речи Посполитой А. Санта-Кроче назначил администратором (временным управляющим) униатской Киевской митрополии Владимиро-Волынского и Брестского епископа Льва Заленского, что подтвердил указом король Ян III Собеский. Зимой-весной 1694 г. Лев Заленский на правах администратора совершил визитацию униатской Киевской митрополии и епархий униатской церкви в Речи Посполитой; в Полоцке, Новогрудке и Минске провёл местные Соборы духовенства. По итогам визитации папе был отправлен отчёт с описанием плачевного состояния земельных владений униатской Киевской митрополии по причине её материального оскудения. В апреле 1694 г. синод архиереев Киевской митрополии избрал Льва Заленского новым главой униатской церкви в Речи Посполитой. 22 сентября 1695 г. Иннокентий XII утвердил его в должности Киевского митрополита униатской церкви. Папа способствовал урегулированию конфликта между митрополитом Львом Заленским и Пинским епископом Маркианом Билозором. Оставив Владимиро-Волынское епископство под управлением митрополита, папа обязал уступить Полоцкое епископство Маркиану Билозору. 1 октября 1696 г. тот направил в Конгрегацию пропаганды веры жалобу на Льва Заленского, который продолжал управлять Полоцким епископством, не считаясь с папским решением. В апреле 1697 г. Маркиан Билозор был официально утверждён Иннокентием XII архиепископом Полоцким и Витебским. При Иннокентии XII окончательно решился вопрос о присоединении к униатской церкви православной Львовской епархии. Львовский епископ Иосиф (Шумлянский), тайно перешедший в унию в 1677 г. и подтвердивший своё решение в 1681 г., долгое время открыто не объявлял об этом, опасаясь реакции противников унии (на епархиальном Соборе во Львове в декабре 1694 г. большинство участников высказались против унии). Лишь в 1699 г. епископ Иосиф под давлением властей Речи Посполитой согласился объявить о переходе в унию, и 6 июня 1700 г. он публично произнёс исповедание католической веры. Иннокентий XII подтвердил почитание двух святых и семи блаженных Римско-католической церкви. В 1692 г. папа сделал обязательным для всей католической церкви почитание королевы Шотландии Маргариты (XI в.; в 1693 г. утвердил день памяти святой – 10 июня). В 1696 г. он внёс в общецерковный календарь праздник Пресвятой Девы Марии Милосердия (Festum Beatae Mariae Virginis de Mercede), закрепив его за 24 сентября. Бреве «In excelsa» от 15 мая 1693 г. установил для Римско-католической церкви октаву в честь праздника Зачатия Пресвятой Богородицы – 12 ноября 1691 г. Иннокентий XII умер 27 сентября 1700 г. Погребён в соборе св. Петра. Надгробный монумент был сооружён в 1746 г. скульптором Филиппо делла Валле по проекту архитектора Фердинандо Фуга (1699–1781 гг.). См. также ПАПА РИМСКИЙ