Направленные в Варшаву послания нунций Антонио Пиньятелли должен был отослать православным адресатам. Однако по непонятной причине он промедлил с отправкой. К моменту его отъезда из Варшавы в связи с переводом в Венскую нунциатуру (9 марта 1668 г. папа Климент IX назначил Антонио Пиньятелли нунцием при императоре Священной Римской империи Леопольде I) письма так и не были пересланы адресатам, и нунций передал их своему преемнику в Варшаве Г. Марескотти. К этому времени между Речью Посполитой и Московским государством было заключено Андрусовское перемирие, и в новых условиях униональный проект, изложенный в посланиях Конгрегации, утратил актуальность. Папа Климент X (1670–1676 гг.) 4 мая 1671 г. назначил Антонио Пиньятелли епископом г. Лечче в Неаполитанском королевстве (с сохранением архиепископского титула) и наделил многими другими бенефициями. На кафедре г. Лечче архиепископ Антонио Пиньятелли формально оставался 10 лет, но уже в июне 1673 г. получил должность секретаря Конгрегации по делам епископов и монашествующих, а 29 мая 1675 г. был назначен мажордомом папских покоев. 1 сентября 1681 г. папа Иннокентий XI (1676–1689 гг.) возвёл его в достоинство кардинала-пресвитера и 12 сентября пожаловал ему титулярную римскую церковь св. Панкратия. 12 января 1682 г. Антонио Пиньятелли был переведён с епископской кафедры г. Лечче на вакантную после смерти кардинала Карло Россетти епископскую кафедру г. Фаэнца (также с сохранением архиепископского титула). 2 октября 1684 г. он был назначен папским легатом в Болонье. С 30 сентября 1686 г. – архиепископ Неаполитанский. 28 апреля 1687 г. папа пожаловал ему паллий. На конклаве, который собрался после смерти папы Александра VIII (1689–1691 гг.) и продолжался пять месяцев. Французские и немецкие кардиналы в последнем голосовании согласились с кандидатурой кардинала Антонио Пиньятелли. Став папой Римским, он принял имя Иннокентий XII. Коронация нового папы состоялась в соборе св. Петра 15 июля 1691 г.; интронизация – в Латеранской базилике 13 апреля 1692 г. Первые решения нового папы имели целью навести порядок в городе: за пять месяцев, пока проходил конклав, в Риме было совершено 180 убийств. Иннокентий XII ввёл самые жёсткие меры против любого неповиновения органам правопорядка. Действия, предпринятые папой, привели к быстрому изменению ситуации в лучшую сторону. Важнейшим мероприятием, связанным с реформированием управления Римско-католической церковью, стало решение Иннокентия XII законодательно оформить отказ от системы непотизма. Через год после вступления на папский престол Иннокентий XII опубликовал буллу «Romanum decet Pontificem» (22 июля 1692 г.), которая навсегда уничтожила практику непотизма (с того времени в коллегии кардиналов мог быть только один родственник папы с ограниченными доходами). Согласно этому документу, запрещалось передавать имущество, принадлежащее католической церкви, представителям семьи правящего папы (полагалась ежегодная рента, не превышавшая 12 тыс. скудо), предоставлять высокодоходные церковные должности и бенефиции родственникам папы; назначение на должности должно было производиться лишь с учётом достоинств кандидата. Во внутрицерковной и внешней политике Иннокентий XII опирался на назначенного им государственного секретаря кардинала Фабрицио Спаду (1643–1717 гг.). За время понтификата Иннокентий XII возвёл в кардиналы 30 чел. Кроме того, два кардинала, назначенные им in pectore, так и не были объявлены. 18 июля 1695 г. была создана Конгрегация по вопросам дисциплины монашествующих (Congregatio super disciplina regularium), которая стала заниматься организацией и упразднением новициатов, порядком принятия обетов, учреждением новых монастырей, внутренним монастырским распорядком и получением монашествующими каких-либо диспенсаций. Поскольку полномочия новой Конгрегации распространялись на всех монашествующих Римско-католической церкви, то буллой «Debitum Pastorale» от 4 августа 1698 г. Иннокентий XII упразднил созданную Иннокентием Х Конгрегацию монашествующих (Congregatio super Statu Regularium), которая занималась реформированием монастырей в итальянских государствах. Желая улучшить работу Римской курии, Иннокентий XII отменил сложившуюся практику оплаты назначений на должности в апостольской палате, провёл реформу коллегии консисториальных адвокатов, закрепив декретом от 16 ноября 1697 г. постоянное место в ней за представителем Неаполя.