В июле 1684 г. Иннокентий XI, отвечая на обращение к нему гетмана Андрея Могилы, послал благословение ему и его войску. Папа продолжал настаивать на необходимости открытого объявления о переходе в унию православных епископов – Львовского епископа Иосифа (Шумлянского) и Перемышльского епископа Иннокентия (Винницкого), которые, помимо того что не были уверены в поддержке паствы, не желали входить в существовавшие структуры Киевской и Перемышльской униатских митрополий. По обещанию короля, которое было подтверждено Иннокентием XI, Львовский и Перемышльский епископы после обнародования своего перехода в унию должны были подчиняться не Киевскому митрополиту Киприану Жоховскому, а непосредственно папе Римскому (эти решения не вступили в действие). Также папой было принято решение, что до перевода униатского Перемышльского митрополита Иоанна Малаховского на другую кафедру каждый из двух униатских Перемышльских епископов будет управлять той частью епархии, которая находилась в их власти до присоединения к унии Иннокентия (Винницкого). 26 марта 1681 г. в Варшаве в присутствии короля Яна III Собеского, униатского митрополита Киприана Жоховского, Киевского католического епископа Станислава Витвицкого и папского нунция епископы Иосиф (Шумлянский) и Иннокентий (Винницкий), а также архимандрит Уневского монастыря Варлаам (Шептицкий) официально объявили о своём переходе в унию, однако вновь просили сохранить это в тайне. 27 марта епископы направили послание Иннокентию XI, где сообщили о своём присоединении к унии. При передаче Луцкой кафедры в 1685 г. брату Иосифа (Шумлянского) Афанасию (Шумлянскому) оба принесли присягу папскому нунцию, обещав со временем публично заявить о подчинении папе Римскому. Но епископскую хиротонию Афанасия (Шумлянского) совершил митрополит Сучавский Досифей. Иннокентию XI пришлось вмешаться в конфликт между униатским митрополитом Киприаном Жоховским и Орденом василиан. В 1674–1675 гг. Киприан Жоховский добровольно отказался возглавлять Орден, уступив эти функции протоархимандриту, избираемому из числа монахов-василиан, и гарантировал своё невмешательство во внутренние дела Ордена. Однако на капитуле в Минске в 1683 г. униатский митрополит потребовал избрать себя протоархимандритом, чтобы вернуться к прежней практике управления Орденом. Он также попытался отстранить пожизненно избранных консульторов и генерального секретаря Ордена. Представители василиан обратились к Иннокентию XI с жалобой на действия митрополита и добились отмены решений Минского капитула. Папа обязал Киприана Жоховского и василиан провести при участии папского нунция в Речи Посполитой новый капитул и избрать протоархимандрита из числа монахов. Тем не менее, в марте 1684 г. в Новогрудке сторонниками Киприана Жоховского был проведён капитул без участия нунция вопреки его прямому запрету. Капитул также был признан Иннокентием XI незаконным, а результаты проведённых на нём выборов аннулированы. Лишь 1–10 августа 1686 г. в Новогрудке состоялся капитул при участии папского нунция в Речи Посполитой Опцио Паллавиччини, который принял решения, позволившие стабилизировать отношения между митрополитом и Орденом. В дальнейшем эти решения стали основой организации василианского Ордена (управляет им протоархимандрит, избираемый из монахов сроком на четыре года, митрополиту и епископам воспрещается возглавлять Орден). Другим аспектом отношений василиан и униатского епископата были споры по поводу греческого обряда: василиане хотели заменить его латинским, против чего возражали и униатские иерархи, и король, жалуясь на членов Ордена в Рим. Иннокентий XI умер после длительной болезни от камней в почках, от которых он страдал с 1682 г. Папа был похоронен в базилике Святого Петра в гробнице, изготовленной по заказу его племянника Ливио. Процесс беатификации Иннокентия XI была начат в 1791 г. Иннокентием XII (1691–1700 гг.), который провозгласил его слугой Бога, и был продолжен Климентом XI (1700–1721 гг.) и Климентом XII (1730–1740 гг.). Процесс тормозился французскими епископами, и лишь Пий XII (1939–1958 гг.) 7 октября 1956 г. объявил его блаженным (день памяти – 12 августа). Пишут, что когда тело Иннокентия XI было извлечено для беатификации, обнаружили, что оно отлично сохранилось, хотя прошло 267 лет со дня его смерти. Иннокентий XI рассматривается многими католиками как первый папа, чьё тело было обнаружено нетленным. Мощи были помещены в стеклянный саркофаг, покрытой серебром. После беатификации саркофаг Иннокентия XI был помещён под алтарём св. Себастьяна в часовне базилики св. Себастьяна, где он оставался до 8 апреля 2011 г., когда был перенесён, чтобы освободить место для останков Иоанна Павла II (1978–2005 гг.). Тело Иннокентия XI было перенесено в базилику Преображения рядом с часовней, где погребены останки папы Григория I Великого (590–604 гг.). См. также ПАПА РИМСКИЙ