7 марта 1677 г. в Варшаве в присутствии униатского митрополита Киприана Жоховского и польского короля Яна III Собеского Львовский православный епископ Иосиф (Шумлянский) тайно произнёс исповедание католической веры и сообщил папе о намерении сохранять своё присоединение к унии в тайне. В послании от 11 сентября 1677 г. Иннокентий XI, плохо ориентировавшийся в ситуации, которая заставляла епископов временно скрывать свой переход в унию, выразил одобрение по поводу действий епископа Иосифа и призвал того публично объявить о переходе в унию (открытое присоединение к унии Иосифа (Шумлянского) и Львовской епархии состоялось в 1699 г.). Кроме того, Иосиф (Шумлянский) был нужен королю Яну III Собескому как православный иерарх для переговоров с казаками. Вдохновляемый Иннокентием XI король Ян III Собеский активно способствовал передаче православных епископских кафедр в Речи Посполитой сторонникам унии. Так, при содействии Шумлянского на православную Перемышльскую кафедру был поставлен Иннокентий (Винницкий), который в октябре 1679 г. также тайно перешёл в унию. Кроме того, король Ян III Собеский попытался радикально решить проблему присоединения православных к унии. В 1677 г. сенат Речи Посполитой издал постановление о созыве общего православно-униатского Собора, задачей которого должно было стать прекращение религиозных споров. Папа высказался против обсуждения вероучительных вопросов на Соборе с участием православных. Тем не менее, осенью 1679 г. король подписал универсал, содержавший приглашение православным и униатским представителям прибыть 24 января 1680 г. в Люблин. Униатскую делегацию возглавил митрополит Киприан Жоховский, православную – Луцкий и Острожский епископ Гедеон (Святополк-Четвертинский), Львовский епископ Иосиф (Шумлянский) и наречённый епископ Перемышльский Иннокентий (Винницкий). 26 января 1680 г. Киприан Жоховский получил от папского нунция в Варшаве послание, в котором ещё раз напоминалось о запрете, наложенном Римом на переговоры, касавшиеся вопросов вероучения. В свою очередь, православная делегация отказывалась участвовать в переговорах без согласия Константинопольского патриарха. На участии в переговорах восточных патриархов настаивала и православная волынская шляхта. Против съезда выступили прибывшие в Варшаву московские послы. Хотя торжественное открытие встречи в Люблине состоялось, король Ян III Собеский отправил Киприану Жоховскому послание с предложением отложить совместное собрание. Отношение короля к переговорам изменилось из-за обострения политической ситуации и новых наступлений турок в Европе. Стремясь привлечь к антиосманской коалиции украинское казачество и Московское государство, польский король отказался от попыток побудить православных к унии, что могло оттолкнуть их от участия в борьбе с турками. В этих условиях Иннокентий XI также предпочёл униональным проектам возможность привлечь православных украинских казаков к военным действиям против турок. В начале 1681 г. Иннокентий XI выделил 1 млн. золотых флоринов на военные нужды, из них 600 тыс. предназначалось на вооружение казаков. В июне 1683 г. папский нунций в Варшаве вновь передал королю Яну III Собескому значительную денежную сумму (около 270 тыс. флоринов) для содержания в течение девяти месяцев казачьего войска численностью 3 тыс. сабель. Казачий корпус, формировавшийся на средства папского престола, включал семь полков, состоявших из 23 сотен. В июле 1683 г. Иннокентий XI выделил украинским казакам ещё 100 тыс. флоринов (половина суммы предназначалась запорожцам, которые должны были совершить отвлекающий набег на Крым). Основная часть казаков приняла участие в походе на Вену, где в конце 1683 г. потерпела поражение турецкая армия. В январе 1684 г., уже после победы над турками под Веной, Иннокентий XI выделил ещё 450 тыс. флоринов на формирование нового казачьего войска, призванного действовать против турок и крымских татар в Молдавии и Валахии. 2 февраля того же года довольный результатами политики в отношении казаков папа отслужил в капелле Апостольского дворца в Риме благодарственный молебен по случаю одержанных побед над турками. Между тем казаки, получавшие жалованье из папской казны опосредованно, через королевское правительство Речи Посполитой, были не слишком довольны доходившими до них суммами, подозревая поляков в утаивании денег, и весной 1684 г. подняли мятеж, в ходе которого сместили и казнили гетмана Правобережной Украины Степана Куницкого (1683–1684 гг.), избрав вместо него Андрея Могилу (1684–1689 гг.). В этих условиях нунциатура в Варшаве приняла решение поддерживать отношения с казаками напрямую, через ректора Львовской католической Духовной семинарии театинца Франциска Бонесану. При этом также имелось в виду, что щедрость папского эмиссара должна сыграть определённую роль и в привлечении православных казаков к унии. Бонесана совершил поездку в расположение казачьих войск, привёз им деньги и оружие, а также доставил нунцию письмо от казаков, адресованное Иннокентию XI, в котором они выразили благодарность за полученное от папы содержание.