В борьбе с абсолютистскими притязаниями Людовика XIV Иннокентий XI опирался на военно-политическую коалицию протестантских стран Европы (Голландии, Англии, Германии), и это обеспечило политическое равновесие в межгосударственных отношениях и удовлетворение требований Ватикана. Папа осуждал стремление французского духовенства к утверждению своей автономии и дисциплинарной независимости от Рима (так называемая доктрина свободы галликанской церкви). В ответ на поддержку, оказанную Людовиком XIV французскому духовенству, Иннокентий XI отказался утвердить назначенных королём епископов (35 французских епархий оказались без руководителей). Людовик XIV в ответ стал действовать ещё более жёстко. В 1685 г. он отменил Нантский эдикт и открыл гонения на французских гугенотов. Иннокентий XI выразил недовольство этими решительными мерами, но свою позицию по епископам не изменил. Антифранцузская политика папы проявилась и при организации нового похода против турок, которые прямо угрожали столице Австрии. Папа с помощью иезуитов организовал заговор против короля Карла II (1660–1685 гг.) с целью восстановления в Англии католицизма. Из-за предательства одного из заговорщиков заговор был раскрыт, многие иезуиты казнены, но в целом католики захватили часть приходов и чувствовали себя хозяевами в Лондоне. Попытка вмешательства Иннокентия XI в дела Англии ускорили падение слабого короля-католика Якова II Стюарта (1685–1688 гг.), который полностью оправдал надежды Иннокентия XI, преследуя пресвитериан с особой жестокостью. Но победа оказалась непрочной, поскольку начались мятежи, и некатолические партии в 1688 г. в результате так называемой Славной революции изгнали из Англии как иезуитов, так и их благодетеля Якова II, предложив трон 38-летнему Вильгельму I Оранскому (1533–1584 гг.), что окончательно похоронило надежды на объединение англиканской церкви с папством. Напряжённость в отношениях между папой и королём Франции усугубилась спорами по поводу епископской кафедры Кёльна. Кандидатами на кафедру были кардинал Вильгельм Фюрстенберг, епископ Страсбурга, и Йозеф Климент, брат курфюрста Баварии. Первый из них был послушным орудием в руках Людовика XIV, и его назначение архиепископом и курфюрстом Кёльна означало бы французскую гегемонию в северо-западной Германии. Климент был не только кандидатом императора Леопольда I (1658–1705 гг.), но и всех европейских правителей, за исключением короля Франции и его сторонника, короля Якова II. На выборах, которые состоялись 19 июля 1688 г., ни один из кандидатов не набрал необходимого количества голосов. Решение должен был принять папа, и он выбрал Климента. Людовик XIV принял ответные меры, обратив взыскание на принадлежавший папе Авиньон и заключив в тюрьму папского нунция. Он не скрывал намерения вывести французскую церковь из зависимости от Рима. Но папа остался твёрдым. Последующее падение Якова II ликвидировало французское превосходство в Европе, и вскоре после смерти Иннокентия XI спор между Людовиком XIV и папством был решён в пользу церкви. Хотя в понтификат Иннокентия XI политическая активность папского престола в Восточной Европе была связана, прежде всего, с формированием антитурецкой коалиции европейских государств, значительное внимание папа уделял деятельности униатской церкви в Речи Посполитой и на Украине, о чём свидетельствует его дипломатическая переписка. Из донесений нунциев Иннокентию XI было известно о намерении турецкого султана Мехмета IV (1642–1693 гг.) создать для гетмана Юрия Богдановича Хмельницкого (1641–1685 гг.) на территории Украины «княжество Малая Сарматия» (или «Роксоляния»), которое находилось бы в вассальной зависимости от Османской империи. Политика Иннокентия XI (как и его предшественников на папском престоле) была направлена на подчинение Риму православного населения через тайно принявших унию епископов. Важным шагом в этом направлении были решения польского сейма 1676 г.: православным запрещались какие-либо контакты с Константинопольским патриархом, ставропигийные братства должны были подчиняться епархиальным архиереям. В декабре 1676 г. Иннокентий XI направил в нунциатуру в Варшаве 24 послания, адресованные польскому королю Яну III Собескому и наиболее влиятельным лицам Речи Посполитой: примасу, епископам, сенаторам и членам Посольской избы, требуя от короля аннулировать все привилегии, выданные властью православным. Но власти Речи Посполитой избрали иной способ действий, стараясь возводить на православные кафедры людей готовых (тайно) принять унию.