Джованни Факкинетти принимал участие в конклаве 1585 г., который избрал папу Сикста V (1585–1590 гг.), конклавах 1590 г., избравших пап Урбана VII (сентябрь 1590 г.) и Григория XIV (1590–1591 гг.), причём на последнем он был одним из главных претендентов на папский престол. В краткий период понтификата Григория XIV Факкинетти нередко заменял его на заседаниях Верховного суда апостольской сигнатуры, а после его смерти был возведён на папский престол всё теми же испанцами (прежде всего, кардиналом Хуаном Уртадо де Мендосой, которому впоследствии выражал свою признательность). Папская коронация состоялась 3 ноября 1591 г.; Факкинетти принял имя Иннокентия IX. Будучи ставленником испанской партии в Римской курии, продолжил политику Григория XIV по отношению к претендовавшему на французский престол Генриху IV Бурбону (1589–1610 гг.), поддерживая в борьбе с ним Испанию и итальянские государства. Во внутренней политике Иннокентий IX стремился восстановить экономическое могущество Папского государства и реформировать административную систему Римской курии. Он предложил временно сократить расходы (в частности, в целях экономии были уменьшены расходы на войну с Генрихом IV) и создать резервный денежный запас, который должен был храниться в замке Святого Ангела. Буллой «Quae ab hac Sancta Sede» от 4 ноября 1591 г. Иннокентий IX подтвердил запрет Пия V и его преемников продавать церковное имущество, за два месяца издал распоряжения о запрете отчуждения церковной собственности и вознамерился создать резервный фонд для экстраординарных расходов. Во внешней политике Иннокентий IX продолжал поддерживать Филиппа II Испанского и Католическую лигу против Генриха IV Французского. Папа провёл реформу дипломатической службы Папского престола, разделив три её ведомства по регионам: Франция и Польша были в ведомстве под руководством кардинала Джованни Андреа Калигари, Германия – под руководством кардинала Минуккьо Минукки, Испания и Италия – под руководством кардинала Джованни Франческо Дзагорди. Иннокентий IX принял ряд мер, направленных на реформирование католического клира в духе решений Тридентского собора, на консистории 18 декабря 1591 г. возвёл в кардинальское достоинство внучатого племянника 16-летнего Антонио Факкинетти. Иннокентий IX способствовал улучшению обеспечения Рима провизией, боролся с преступностью (булла «Pro faciliori expeditione Justitiae»), помогал благоустроить город. При нём был завершён купол нового собора св. Петра и перестроен порт Анконы. Скончался он от простуды, заболев во время посещения патриарших римских базилик 21 декабря 1591 г. Похоронен в Ватиканских гротах. Ни одно из сочинений Иннокентия IX не издано. Среди его произведений есть трактаты по философии Платона и Аристотеля «Nonulla in libros politicorum Aristotelis», «Notae in Platonis opera», этический трактат «Moralia quaedam theologica», антимаккиавеллианское сочинение «Adversus Macchiavellem» и трактат «De recta gubernandi ratione» (отдельные записи Иннокентия IX по вопросам этики опубликованы Л. Фрати). См. также ПАПА РИМСКИЙ