Для проведения интересовавших его медицинских исследований Иоанн XXI пристроил новое помещение к папскому дворцу в Витербо, где он собирался спокойно работать, уйдя в отставку. 14 мая 1277 г., когда папа был один в этом помещении, рухнула крыша. Иоанн XXI был извлечён из-под обломков и умер 20 мая от полученных травм. Был похоронен в Дуомо-ди-Витербо (его могила сохранилась). После смерти Иоанна XXI ходили слухи, что на самом деле он был волшебником (подобные подозрения были обычными для средневековых учёных) и что он писал еретическое сочинение в облюбованной им комнате, из-за чего Господь обрушил на него потолок. По признанию современников, папа предпочитал больше заниматься наукой, чем делами, связанными с управлением церковью. Его богатое творческое наследие охватывает труды по медицине, психологии, философии и логике. Из медицинских сочинений Иоанна XXI большой известностью пользовалась в Средние века его «Practica medicinae, quae thesaurus pauperum nuncupatur», а его трактат «Summula logicae» (иначе «Summulae logicales» или просто «Tractatus») был в своё время очень распространённым учебником. «Суммы логические», написанные около 1250 г. и впервые опубликованные в 1474 г., развивали логику Аристотеля и Боэция (около 480 – 524/526 гг.); написание комментария к ним было непременным условием получения степени бакалавра в средневековых университетах. Логику автор считал наукой наук, поскольку она, будучи искусством рассуждения, есть приготовление ко всем другим наукам. Книга состоит из семи трактатов, посвящённых предложениям, предикабилиям, категориям, силлогизмам, топике, ложным умозаключениям и свойствам терминов. В первых шести трактатах излагается материал аристотелевского «Органона», где обстоятельные рассуждения Аристотеля сведены в краткие определения и правила, снабжённые мнемоническими средствами. В седьмом трактате («О свойствах терминов») содержатся логические нововведения – исследования особенностей терминов как составных частей предложения. Здесь рассматриваются: подстановки (суппозиции), т.е. то, в каких случаях в предложении можно один термин заменять другим; когда можно расширять и ограничивать значение термина в предложении; правила именования; правила распределения терминов по предметам при присоединении к ним тех или иных кванторов. В некоторых вариантах книги содержится учение об экспонибилиях – предложениях, имеющих определительные и дополнительные слова (выражающие исключительность, изъятие, начало, конец или отсутствие конца, сравнение, различие и т.п.) и поэтому нуждающихся в разъяснении. В своих философских сочинениях Иоанн XXI обращался к воззрениям Авиценны (см. Ибн Сина), написал комментарий на Аристотеля и Фому Аквинского (около 1225 – 1274 гг.) и много других трактатов. Его считают одним из главных (наряду с Роджером Бэконом и Альбертом Великим) представителей синкретического направления в науке и философии XIII в. Иоанну XXI приписывают одну из наиболее полных книг о контрацепции, которая содержала рекомендации по контролю рождаемости и менструального цикла. Книга была чрезвычайно популярной и получила название «Thesaurus pauperum» («Сокровище бедных»). Многие из его рекомендаций были признаны эффективным даже современными исследователями, однако уверенности, что автор «Thesaurus pauperum» и Иоанн XXI – одно и то же лицо, у исследователей нет. Данте Алигьери (1265–1321 гг.) в своей «Божественной комедии» поместил Иоанна XXI («Петра Испанского») в раю вместе с другими видными теологами. См. также ПАПА РИМСКИЙ