Тем не менее, никто из женщин и девушек, входивших в его кружок, не вышел замуж, а их огромное богатство пошло на благотворительные цели (возможно, в пользу церкви), что вызвало раздражение римского общества. Письмо «К Евтохии о сохранении девственности» восстановило против него буквально всех римских христиан, тем более что сам Иероним вызывал ненависть к себе ещё и своим высокомерным и даже склочным характером. Вскоре после смерти папы Дамасия новым архиепископом был избран Сириций (384–399 гг.), с которым у Иеронима не сложились отношения. Он попадает в опалу и с негодованием навсегда покидает Рим (385 г.), отправившись в паломничество с целью посещения святых мест и знаменитых деятелей церкви (Дидима и др.). Вслед за ним отправилась и одна из знатных римских матрон – Павла, оставив в Риме маленького сына. Она догнала Иеронима в Антиохии и больше уже с ним не расставалась. Их совместное путешествие было обстоятельным и неторопливым: они посетили все места, связанные с Иисусом Христом, повторив весь Его путь, поклонились Его кресту и гробу, побывали на Мёртвом море, в Назарете, на Генисаретском озере, на горе Фавор. Некогда цветущая Палестина уже тогда постепенно превращалась в пустыню. Иероним писал: «Едва малые следы руин различаем на месте сильных некогда городов…» Это могло быть связано с изменением климата, поскольку поменялась «роза ветров», а также с общим упадком торговли на Востоке, причиной чему (в том числе) были и христианские идеалы, не способствовавшие развитию ремёсел. Из Палестины паломники отправились в Александрию, посетили Нитрийскую пустынь – место подвигов первых египетских христиан. В 386 (или 387) г. Иероним останавливается в Вифлееме, где до конца жизни ведёт активную богословскую и монашескую работу: руководит комплексом монастырей, созданных им самим, Павлой и сопровождавшими её девственницами, преподаёт классическую литературу в монастырской школе. Сам он жил в пещере, располагавшейся неподалёку от той пещеры, где родился Христос, питаясь только хлебом и водой. Главным его занятием отныне стало изучение Священного Писания и переписка. Непоследовательный, но очень впечатлительный человек и мыслитель, Иероним метался между восторгом перед древней культурой и её отрицанием во имя христианской веры. Пустынник, истребляющий в себе мирские помыслы и одновременно изучающий разглагольствования римского комедиографа о вине, женщинах и плутнях, – это культурно-исторический образ, полный значения; без него не может быть понято средневековое восприятие античной культуры. Обширный круг сочинений Иеронима исследователи классифицируют по основным направлениям: 1) труды по изучению и толкованию Священного Писания; 2) догматико-полемические («Диалог против пелагиан», «Книга против Гельведия о приснодевсвте блаженной Марии», «Против Вигилянция», перевод Оригена «О началах» и др.); нравственно-аскетические (117 писем, из которых наиболее известное «К Евтохии о сохранении девственности», биографии знаменитых подвижников: «Жизнь Павла – подвижника Фивейского», «Жизнь Малха» и др.); 4) исторические («Хроника», включающая перевод, дополнение до 378 г. и переработку на основе античных авторов одноимённой летописи Евсевия Кесарийского, «О знаменитых мужах» – каталог великих христианских писателей с апостола Петра до самого Иеронима, включая Сенеку). Главный труд первой группы – латинский перевод Библии – Вульгата, осуществлённый Иеронимом на основе более раннего латинского перевода («Itala»), Септуагинты (перевода на греческий язык 70-ти толковников) и гекзаплов греческого христианского теолога Оригена (свод еврейского и греческих текстов Священного Писания в шести столбцах). Иероним не смог бы выполнить своего главного дела (перевода Библии на латинский язык и подробного комментария к ней), если бы не принял на себя внутреннего конфликта между восторгом перед древней культурой и её отрицанием во имя христианской веры. В своём знаменитом рассказе о сновидении он пишет, как грозный Судия сказал ему с укором: «Ты цицеронианец, а не христианин!» (здесь также намечена типичная средневековая коллизия, повторившаяся в судьбе Алкуина, строго осудившего себя за чрезмерную любовь к стихам Вергилия, и во многих иных судьбах). Но для этого дела (не только идеологического, но и литературного) нужен был именно человек, соединивший в себе христианский интерес к Библии и филологическое проникновение в чужую языковую сферу, воспитанный на античных латинских авторах и с тонким чувством языка.