В «Деяниях Филиппа» (IV в. – см. «Филиппа деяния») Иоанн Богослов ободряет апостола Филиппа перед отправлением на проповедь. Там же говорится о проповеди самого Иоанна Богослова в Асии. Наконец, говорится о том, что Христос посылает Иоанна Богослова помочь Филиппу перед мученичеством: Иоанн Богослов приходит в Иераполь и призывает его жителей освободить Филиппа и Варфоломея, но жрецы сами поднимают на него руку, хотя и не могут причинить ему зла. Филипп говорит Варфоломею об Иоанне Богослове: «Вот сын Варего, что означает “вода жизни”». В апокрифической традиции исследователи видят особую связь между Иоанном Богословом и апостолом Андреем, о которой свидетельствуют также «Канон Муратори» и Епифаний Монах. Епископ Григорий Турский в «Книге о чудесах Андрея», перерабатывая древние «Деяния Андрея» (II в.), описывает видение апостола Андрея о его смерти: «Видел я, и вот большая гора поднялась ввысь, на которой не было никаких земных вещей, кроме света, сиявшего так, что, казалось, он освещает весь мир. И вот предстали передо мной возлюбленные братья, апостолы Иоанн и Пётр; и Иоанн, протянув руку апостолу Петру, поднял его на вершину горы и, обратившись ко мне, позвал подняться вслед за Петром: “Андрей, выпьешь ты чашу Петра”. И, простерши руки, он сказал: “Приблизься ко мне и протяни свои руки, чтобы сплести их с моими руками и твою голову соединить с моей головой”. Когда я это сделал, то оказался рядом с Иоанном. Потом он говорит мне: “Хочешь узнать образ этой вещи, которую ты видишь, или кто говорит с тобой?” Я ответил: “Желаю это узнать”. Он говорит мне: “Я Слово креста, на котором ты будешь скоро распят за Его имя, которое проповедуешь”. И много другого сказал он мне, о чём теперь следует умолчать, однако и этому придёт черёд, когда я приступлю к тому таинству (т.е. распятию)». Здесь исследователи видят влияние «Деяний Иоанна». В дальнейшем пара Иоанн Богослов и апостол Андрей встречается в византийской агиографии: в «Видении Космы» они являются монаху Косме, а в синаксарном «Житии Афанасия Чудотворца» они отводят душу святого на небо. Популярная тема апокрифов – девство Иоанна Богослова: о нём говорят «Вопросы Варфоломея», «Деяния Иоанна», «Легенда о Симоне и Феонии». Панегирик Иоанна Богослова девству, восходящий к «Деяниям Иоанна», приводится в апокрифическом «Послании Тита». Об Иоанне Богослове речь идёт в «Откровении Ездры», где Бог говорит Ездре: «Я хочу, чтобы ты был у Меня, как Павел и Иоанн». В апокрифических «Деяниях Фомы» Иоанн Богослов стоит на четвёртом месте в списке апостолов; в «Послании апостолов» – на первом. В списке благословляемых апостолов в «Книге воскресения Варфоломея» Иоанн Богослов стоит на третьем месте, после Андрея и Иакова. В «Книге петуха» Иисус Христос омывает Иоанну Богослову ноги третьему, после Петра и Иакова. Некоторые рукописи указывают на Иоанна Богослова как на автора «Евангелия о Рождестве Марии и детстве Спасителя», обычно приписываемого Матфею. В «Учении Аддая» в своей последней речи Аддай приводит следующий список библейских книг для чтения в церкви: «Закон, Пророки и Евангелие…, Послания Павла, которые Симон Пётр послал нам из Рима, Деяния двенадцати апостолов, которые Иоанн Зеведеев нам послал из Эфеса», исследователи полагают, что Иоанну Богослову здесь приписываются канонические «Деяния святых апостолов». Именем Иоанна Богослова надписаны два греческих апокрифических «Откровения» и одно коптское.